PRDM5

PRDM5 (англ. PR/SET domain 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 4-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 630 амінокислот, а молекулярна маса — 73 090.

PRDM5
Ідентифікатори
Символи	PRDM5, BCS2, PFM2, PR domain 5, PR/SET domain 5
Зовнішні ІД	OMIM: 614161 MGI: 1918029 HomoloGene: 10274 GeneCards: PRDM5
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity Клітинна компонента • клітинне ядро • ядерце • ядерні тільця Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • Метилювання • histone H3-K9 methylation • GO:0007067 мітоз • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone deacetylation • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11107	70779
Ensembl	н/д	ENSMUSG00000029913
UniProt	Q9NQX1	Q9CXE0
RefSeq (мРНК)	NM_001300823 NM_001300824 NM_018699 NM_001379104 NM_001379106	NM_027547 NM_029549
RefSeq (білок)	NP_001287752 NP_001287753 NP_061169 NP_001366033 NP_001366035	NP_081823 NP_083825
Локус (UCSC)	н/д	Хр. 6: 65.76 – 65.91 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLGMYVPDRF		SLKSSRVQDG		MGLYTARRVR		KGEKFGPFAG		EKRMPEDLDE
NMDYRLMWEV		RGSKGEVLYI		LDATNPRHSN		WLRFVHEAPS		QEQKNLAAIQ
EGENIFYLAV		EDIETDTELL		IGYLDSDMEA		EEEEQQIMTV		IKEGEVENSR
RQSTAGRKDR		LGCKEDYACP		QCESSFTSED		ILAEHLQTLH		QKPTEEKEFK
CKNCGKKFPV		KQALQRHVLQ		CTAKSSLKES		SRSFQCSVCN		SSFSSASSFE
QHQETCRGDA		RFVCKADSCG		KRLKSKDALK		RHQENVHTGD		PKKKLICSVC
NKKCSSASSL		QEHRKIHEIF		DCQECMKKFI		SANQLKRHMI		THSEKRPYNC
EICNKSFKRL		DQVGAHKVIH		SEDKPYKCKL		CGKGFAHRNV		YKNHKKTHSE
ERPFQCEECK		ALFRTPFSLQ		RHLLIHNSER		TFKCHHCDAT		FKRKDTLNVH
VQVVHERHKK		YRCELCNKAF		VTPSVLRSHK		KTHTGEKEKI		CPYCGQKFAS
SGTLRVHIRS		HTGERPYQCP		YCEKGFSKND		GLKMHIRTHT		REKPYKCSEC
SKAFSQKRGL		DEHKRTHTGE		KPFQCDVCDL		AFSLKKMLIR		HKMTHNPNRP
LAECQFCHKK		FTRNDYLKVH		MDNIHGVADS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, репресорів, активаторів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у ядрі.

Література

• Deng Q., Huang S. (2004). PRDM5 is silenced in human cancers and has growth suppressive activities. Oncogene. 23: 4903—4910. PMID 15077163 DOI:10.1038/sj.onc.1207615
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 4