UniProt

відкрита база даних білкових послідовностей

UniProt — це база даних, що містить інформацію про послідовності протеїнів та дані щодо їхніх функцій, отримані з проєктів секвенсингу геномів. База даних містить також великий масив даних про біологічні функції протеїнів з журнальних статей, що містять оригінальні дослідження.

UniProt
Тип База даних протеїнів
Автори Європейський інститут біоінформатикиd, SIB Swiss Institute of Bioinformaticsd[1] і Protein Information Resourced[1]
Доступні мови Англійська
Стан розробки активний
Ліцензія Creative Commons Attribution-NoDerivs
Вебсайт www.uniprot.org

Консорціум UniProt ред.

Консорціум UniProt утворюють Європейський Інститут Біоінформатики (ЕВІ), Швейцарський Інститут Біоіформатики (SIB) та Ресурс Інформації про Протеїни (PIR). EBI містить різноманітні сервіси та бази даних, що розташовані в Wellcome Trust Genome Campus в м. Гінкстоні, Велика Британія. SIB розташований в м. Женеві (Швейцарія) та підтримує функціонування серверів з ExPASy (Expert Protein Analysis System) — центральним ресурсом баз даних протеоміки. PIR розташований на базі Національної біомедичної науково-дослідної фундації (National Biomedical Research Foundation (NBRF) в Джорджтаунському університетському медичному центрі в м. Вашингтон (США) та забезпечує підтримку найдавнішої бази даних послідовностей протеїнів — Атлас протеїнових послідовностей та структури імені Margaret Oakley Dayhoff, що був вперше опублікований в 1965 році.[3] EBI, SIB та PIR приєдналися до UniProt консорціуму в 2002 році.[4]

Підтримка баз даних UniProt ред.

Кожен член консорціуму робить значний внесок в технічну підтримку та оновлення в ту чи іншу частину бази даних UniProt. Зокрема, EBI та SIB розробляли бази даних Swiss-Prot та TrEMBL, а PIR займався Базою даних послідовностей протеїнів (Protein Sequence Database (PIR-PSD).[5][6][7]

Організація UniProt ред.

До складу UniProt входять основні чотири бази даних: UniProtKB (з підбазами Swiss-Prot та TrEMBL), UniParc, UniRef, and UniMes.

Фінансування UniProt ред.

UniProt фінансується з грантів Національного інституту дослідження геному (National Human Genome Research Institute), Національного інституту охорони здоров'я США, Національного інституту здоров'я (National Institutes of Health або скорочено NIH), Європейської комісії, Федерального уряду Швейцарії через федеральний офіс освіти та науки, NCI-caBIG (The cancer Biomedical Informatics Grid), та Департаменту оборони.

Посилання ред.

  1. а б в https://proteininformationresource.org/pirwww/otherinfo/102502uniprot.pdf
  2. Open Access DirectoryКоледж Сіммонса, 2008. — 350 с.
  3. Dayhoff, Margaret O. (1965). Atlas of protein sequence and structure. Silver Spring, Md: National Biomedical Research Foundation.
  4. Funding for Global Protein Database Will Create One Reliable Resource. genome.gov (англ.). NHGRI. 23 жовтня 2002. Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 10 березня 2014.
  5. O'Donovan, Claire; Martin, Maria Jesus; Gattiker, Alexandre; Gasteiger, Elisabeth; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf (2002-09). High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. Т. 3, № 3. с. 275—284. doi:10.1093/bib/3.3.275. ISSN 1467-5463. PMID 12230036. Архів оригіналу за 14 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.
  6. Wu, Cathy H.; Yeh, Lai-Su L.; Huang, Hongzhan; Arminski, Leslie; Castro-Alvear, Jorge; Chen, Yongxing; Hu, Zhangzhi; Kourtesis, Panagiotis; Ledley, Robert S. (1 січня 2003). The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. Т. 31, № 1. с. 345—347. doi:10.1093/nar/gkg040. ISSN 1362-4962. PMC 165487. PMID 12520019. Архів оригіналу за 12 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  7. Boeckmann, Brigitte; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf; Blatter, Marie-Claude; Estreicher, Anne; Gasteiger, Elisabeth; Martin, Maria J.; Michoud, Karine; O'Donovan, Claire (1 січня 2003). The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. Т. 31, № 1. с. 365—370. doi:10.1093/nar/gkg095. ISSN 1362-4962. PMC 165542. PMID 12520024. Архів оригіналу за 14 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)