XRN1

XRN1 (англ. 5'-3' exoribonuclease 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 3-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 706 амінокислот, а молекулярна маса — 194 107.

XRN1
Ідентифікатори
Символи	XRN1, SEP1, 5'-3' exoribonuclease 1, Xrn1
Зовнішні ІД	OMIM: 607994 MGI: 891964 HomoloGene: 5894 GeneCards: XRN1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nuclease activity • exonuclease activity • hydrolase activity • RNA binding • G-quadruplex RNA binding • G-quadruplex DNA binding • 5'-3' exoribonuclease activity • telomerase RNA binding • 5'-3' exonuclease activity Клітинна компонента • мембрана • клітинна мембрана • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма • дендрит (нейробіологія) • neuronal cell body • синапс • P-body Біологічний процес • regulation of mRNA stability • rRNA catabolic process • GO:0071049, GO:0071048, GO:0071033 nuclear mRNA surveillance • histone mRNA catabolic process • negative regulation of translation • response to testosterone • cellular response to cycloheximide • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • cellular response to puromycin • negative regulation of telomere maintenance via telomerase • nuclear-transcribed mRNA catabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	54464	24127
Ensembl	ENSG00000114127	ENSMUSG00000032410
UniProt	Q8IZH2	P97789
RefSeq (мРНК)	NM_001042604 NM_001282857 NM_001282859 NM_019001	NM_011916 NM_001311130
RefSeq (білок)	NP_001269786 NP_001269788 NP_061874	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 3: 142.31 – 142.45 Mb	Хр. 9: 95.84 – 95.94 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MGVPKFYRWI		SERYPCLSEV		VKEHQIPEFD		NLYLDMNGII		HQCSHPNDDD
VHFRISDDKI		FTDIFHYLEV		LFRIIKPRKV		FFMAVDGVAP		RAKMNQQRGR
RFRSAKEAED		KIKKAIEKGE		TLPTEARFDS		NCITPGTEFM		ARLHEHLKYF
VNMKISTDKS		WQGVTIYFSG		HETPGEGEHK		IMEFIRSEKA		KPDHDPNTRH
CLYGLDADLI		MLGLTSHEAH		FSLLREEVRF		GGKKTQRVCA		PEETTFHLLH
LSLMREYIDY		EFSVLKEKIT		FKYDIERIID		DWILMGFLVG		NDFIPHLPHL
HINHDALPLL		YGTYVTILPE		LGGYINESGH		LNLPRFEKYL		VKLSDFDREH
FSEVFVDLKW		FESKVGNKYL		NEAAGVAAEE		ARNYKEKKKL		KGQENSLCWT
ALDKNEGEMI		TSKDNLEDET		EDDDLFETEF		RQYKRTYYMT		KMGVDVVSDD
FLADQAACYV		QAIQWILHYY		YHGVQSWSWY		YPYHYAPFLS		DIHNISTLKI
HFELGKPFKP		FEQLLAVLPA		ASKNLLPACY		QHLMTNEDSP		IIEYYPPDFK
TDLNGKQQEW		EAVVLIPFID		EKRLLEAMET		CNHSLKKEER		KRNQHSECLM
CWYDRDTEFI		YPSPWPEKFP		AIERCCTRYK		IISLDAWRVD		INKNKITRID
QKALYFCGFP		TLKHIRHKFF		LKKSGVQVFQ		QSSRGENMML		EILVDAESDE
LTVENVASSV		LGKSVFVNWP		HLEEARVVAV		SDGETKFYLE		EPPGTQKLYS
GRTAPPSKVV		HLGDKEQSNW		AKEVQGISEH		YLRRKGIIIN		ETSAVVYAQL
LTGRKYQINQ		NGEVRLEKQW		SKQVVPFVYQ		TIVKDIRAFD		SRFSNIKTLD
DLFPLRSMVF		MLGTPYYGCT		GEVQDSGDVI		TEGRIRVIFS		IPCEPNLDAL
IQNQHKYSIK		YNPGYVLASR		LGVSGYLVSR		FTGSIFIGRG		SRRNPHGDHK
ANVGLNLKFN		KKNEEVPGYT		KKVGSEWMYS		SAAEQLLAEY		LERAPELFSY
IAKNSQEDVF		YEDDIWPGEN		ENGAEKVQEI		ITWLKGHPVS		TLSRSSCDLQ
ILDAAIVEKI		EEEVEKCKQR		KNNKKVRVTV		KPHLLYRPLE		QQHGVIPDRD
AEFCLFDRVV		NVRENFSVPV		GLRGTIIGIK		GANREADVLF		EVLFDEEFPG
GLTIRCSPGR		GYRLPTSALV		NLSHGSRSET		GNQKLTAIVK		PQPAVHQHSS
SSSVSSGHLG		ALNHSPQSLF		VPTQVPTKDD		DEFCNIWQSL		QGSGKMQYFQ
PTIQEKGAVL		PQEISQVNQH		HKSGFNDNSV		KYQQRKHDPH		RKFKEECKSP
KAECWSQKMS		NKQPNSGIEN		FLASLNISKE		NEVQSSHHGE		PPSEEHLSPQ
SFAMGTRMLK		EILKIDGSNT		VDHKNEIKQI		ANEIPVSSNR		RDEYGLPSQP
KQNKKLASYM		NKPHSANEYH		NVQSMDNMCW		PAPSQIPPVS		TPVTELSRIC
SLVGMPQPDF		SFLRMPQTMT		VCQVKLSNGL		LVHGPQCHSE		NEAKEKAALF
ALQQLGSLGM		NFPLPSQVFA		NYPSAVPPGT		IPPAFPPPTG		WDHYGSNYAL
GAANIMPSSS		HLFGSMPWGP		SVPVPGKPFH		HTLYSGTMPM		AGGIPGGVHN
QFIPLQVTKK		RVANKKNFEN		KEAQSSQATP		VQTSQPDSSN		IVKVSPRESS
SASLKSSPIA		QPASSFQVET		ASQGHSISHH		KSTPISSSRR		KSRKLAVNFG
VSKPSE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Lejeune F., Li X., Maquat L.E. (2003). Nonsense-mediated mRNA decay in mammalian cells involves decapping, deadenylating, and exonucleolytic activities. Mol. Cell. 12: 675—687. PMID 14527413 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00349-6
• Lykke-Andersen J., Wagner E. (2005). Recruitment and activation of mRNA decay enzymes by two ARE-mediated decay activation domains in the proteins TTP and BRF-1. Genes Dev. 19: 351—361. PMID 15687258 DOI:10.1101/gad.1282305
• Mullen T.E., Marzluff W.F. (2008). Degradation of histone mRNA requires oligouridylation followed by decapping and simultaneous degradation of the mRNA both 5' to 3' and 3' to 5'. Genes Dev. 22: 50—65. PMID 18172165 DOI:10.1101/gad.1622708
• Ingelfinger D., Arndt-Jovin D.J., Luehrmann R., Achsel T. (2002). The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci. RNA. 8: 1489—1501. PMID 12515382

Див. також

• Хромосома 3