USP13

USP13
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2L80, 2LBC
Ідентифікатори
Символи	USP13, ISOT3, IsoT-3, ubiquitin specific peptidase 13 (isopeptidase T-3), ubiquitin specific peptidase 13
Зовнішні ІД	OMIM: 603591 MGI: 1919857 HomoloGene: 68372 GeneCards: USP13
Реагує на сполуку
	Viroporin 3a
Онтологія гена
Молекулярна функція	• cysteine-type peptidase activity; • chaperone binding; • zinc ion binding; • BAT3 complex binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:1904454, GO:1904455, GO:0070138 ubiquitin-like protein-specific protease activity; • proteasome binding; • GO:0070122 peptidase activity; • ubiquitin binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • ubiquitin-like protein ligase binding; • hydrolase activity; • ubiquitin protein ligase binding; • thiol-dependent deubiquitinase; • cysteine-type endopeptidase activity;
Клітинна компонента	• нуклеоплазма; • гіалоплазма;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • ubiquitin-dependent protein catabolic process; • positive regulation of ERAD pathway; • протеоліз; • автофагія; • regulation of autophagy; • protein K63-linked deubiquitination; • maintenance of unfolded protein involved in ERAD pathway; • проліферація; • melanocyte differentiation; • protein deubiquitination; • protein K29-linked deubiquitination; • protein K6-linked deubiquitination; • protein stabilization;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	8975
	72607
	ENSG00000058056
	ENSMUSG00000056900
	Q92995
	Q5BKP2
	NM_003940
	NM_001013024
	NP_003931
	NP_001013042
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

USP13 (англ. Ubiquitin specific peptidase 13 (isopeptidase T-3)) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 863 амінокислот, а молекулярна маса — 97 327^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MQRRGALFGM	PGGSGGRKMA	AGDIGELLVP	HMPTIRVPRS	GDRVYKNECA
FSYDSPNSEG	GLYVCMNTFL	AFGREHVERH	FRKTGQSVYM	HLKRHVREKV
RGASGGALPK	RRNSKIFLDL	DTDDDLNSDD	YEYEDEAKLV	IFPDHYEIAL
PNIEELPALV	TIACDAVLSS	KSPYRKQDPD	TWENELPVSK	YANNLTQLDN
GVRIPPSGWK	CARCDLRENL	WLNLTDGSVL	CGKWFFDSSG	GNGHALEHYR
DMGYPLAVKL	GTITPDGADV	YSFQEEEPVL	DPHLAKHLAH	FGIDMLHMHG
TENGLQDNDI	KLRVSEWEVI	QESGTKLKPM	YGPGYTGLKN	LGNSCYLSSV
MQAIFSIPEF	QRAYVGNLPR	IFDYSPLDPT	QDFNTQMTKL	GHGLLSGQYS
KPPVKSELIE	QVMKEEHKPQ	QNGISPRMFK	AFVSKSHPEF	SSNRQQDAQE
FFLHLVNLVE	RNRIGSENPS	DVFRFLVEER	IQCCQTRKVR	YTERVDYLMQ
LPVAMEAATN	KDELIAYELT	RREAEANRRP	LPELVRAKIP	FSACLQAFSE
PENVDDFWSS	ALQAKSAGVK	TSRFASFPEY	LVVQIKKFTF	GLDWVPKKFD
VSIDMPDLLD	INHLRARGLQ	PGEEELPDIS	PPIVIPDDSK	DRLMNQLIDP
SDIDESSVMQ	LAEMGFPLEA	CRKAVYFTGN	MGAEVAFNWI	IVHMEEPDFA
EPLTMPGYGG	AASAGASVFG	ASGLDNQPPE	EIVAIITSMG	FQRNQAIQAL
RATNNNLERA	LDWIFSHPEF	EEDSDFVIEM	ENNANANIIS	EAKPEGPRVK
DGSGTYELFA	FISHMGTSTM	SGHYICHIKK	EGRWVIYNDH	KVCASERPPK
DLGYMYFYRR	IPS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, тіолових протеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як убіквітинування білків, автофагія, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку.

Література

Timms K.M., Ansari-Lari M.A., Morris W., Brown S.N., Gibbs R.A. (1998). The genomic organization of Isopeptidase T-3 (ISOT-3), a new member of the ubiquitin specific protease family (UBP). Gene. 217: 101—106. PMID 9841226 DOI:10.1016/S0378-1119(98)00341-2
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Zhao X., Fiske B., Kawakami A., Li J., Fisher D.E. (2011). Regulation of MITF stability by the USP13 deubiquitinase. Nat. Commun. 2: 414—414. PMID 21811243 DOI:10.1038/ncomms1421
Chen M., Gutierrez G.J., Ronai Z.A. (2011). Ubiquitin-recognition protein Ufd1 couples the endoplasmic reticulum (ER) stress response to cell cycle control. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108: 9119—9124. PMID 21571647 DOI:10.1073/pnas.1100028108
Zhang Y.H., Zhou C.J., Zhou Z.R., Song A.X., Hu H.Y. (2011). Domain analysis reveals that a deubiquitinating enzyme USP13 performs non-activating catalysis for Lys63-linked polyubiquitin. PLoS ONE. 6: E29362—E29362. PMID 22216260 DOI:10.1371/journal.pone.0029362