SETDB1

SETDB1 (англ. SET domain bifurcated 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 291 амінокислот, а молекулярна маса — 143 157.

SETDB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3DLM, 4X3S, 5KE2
Ідентифікатори
Символи	SETDB1, ESET, H3-K9-HMTase4, KG1T, KMT1E, TDRD21, SET domain bifurcated 1, SET domain bifurcated histone lysine methyltransferase 1
Зовнішні ІД	OMIM: 604396 MGI: 1934229 HomoloGene: 32157 GeneCards: SETDB1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • DNA binding • promoter-specific chromatin binding • zinc ion binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • chromatin binding • histone methyltransferase activity (H3-K9 specific) Клітинна компонента • внутрішньоклітинна мембранна органела • клітинна мембрана • нуклеоплазма • хромосома • клітинне ядро • гіалоплазма • цитоплазма Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly • response to vitamin • transcription, DNA-templated • Метилювання • histone lysine methylation • Ras protein signal transduction • response to ethanol • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • histone H3-K9 methylation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9869	84505
Ensembl	ENSG00000143379	ENSMUSG00000015697
UniProt	Q15047	O88974
RefSeq (мРНК)	NM_001145415 NM_001243491 NM_012432 NM_001366417 NM_001366418	NM_001163641 NM_001163642 NM_018877
RefSeq (білок)	NP_001138887 NP_001230420 NP_036564 NP_001353346 NP_001353347	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 1: 150.93 – 150.96 Mb	Хр. 3: 95.23 – 95.26 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSSLPGCIGL		DAATATVESE		EIAELQQAVV		EELGISMEEL		RHFIDEELEK
MDCVQQRKKQ		LAELETWVIQ		KESEVAHVDQ		LFDDASRAVT		NCESLVKDFY
SKLGLQYRDS		SSEDESSRPT		EIIEIPDEDD		DVLSIDSGDA		GSRTPKDQKL
REAMAALRKS		AQDVQKFMDA		VNKKSSSQDL		HKGTLSQMSG		ELSKDGDLIV
SMRILGKKRT		KTWHKGTLIA		IQTVGPGKKY		KVKFDNKGKS		LLSGNHIAYD
YHPPADKLYV		GSRVVAKYKD		GNQVWLYAGI		VAETPNVKNK		LRFLIFFDDG
YASYVTQSEL		YPICRPLKKT		WEDIEDISCR		DFIEEYVTAY		PNRPMVLLKS
GQLIKTEWEG		TWWKSRVEEV		DGSLVRILFL		DDKRCEWIYR		GSTRLEPMFS
MKTSSASALE		KKQGQLRTRP		NMGAVRSKGP		VVQYTQDLTG		TGTQFKPVEP
PQPTAPPAPP		FPPAPPLSPQ		AGDSDLESQL		AQSRKQVAKK		STSFRPGSVG
SGHSSPTSPA		LSENVSGGKP		GINQTYRSPL		GSTASAPAPS		ALPAPPAPPV
FHGMLERAPA		EPSYRAPMEK		LFYLPHVCSY		TCLSRVRPMR		NEQYRGKNPL
LVPLLYDFRR		MTARRRVNRK		MGFHVIYKTP		CGLCLRTMQE		IERYLFETGC
DFLFLEMFCL		DPYVLVDRKF		QPYKPFYYIL		DITYGKEDVP		LSCVNEIDTT
PPPQVAYSKE		RIPGKGVFIN		TGPEFLVGCD		CKDGCRDKSK		CACHQLTIQA
TACTPGGQIN		PNSGYQYKRL		EECLPTGVYE		CNKRCKCDPN		MCTNRLVQHG
LQVRLQLFKT		QNKGWGIRCL		DDIAKGSFVC		IYAGKILTDD		FADKEGLEMG
DEYFANLDHI		ESVENFKEGY		ESDAPCSSDS		SGVDLKDQED		GNSGTEDPEE
SNDDSSDDNF		CKDEDFSTSS		VWRSYATRRQ		TRGQKENGLS		ETTSKDSHPP
DLGPPHIPVP		PSIPVGGCNP		PSSEETPKNK		VASWLSCNSV		SEGGFADSDS
HSSFKTNEGG		EGRAGGSRME		AEKASTSGLG		IKDEGDIKQA		KKEDTDDRNK
MSVVTESSRN		YGYNPSPVKP		EGLRRPPSKT		SMHQSRRLMA		SAQSNPDDVL
TLSSSTESEG		ESGTSRKPTA		GQTSATAVDS		DDIQTISSGS		EGDDFEDKKN
MTGPMKRQVA		VKSTRGFALK		STHGIAIKST		NMASVDKGES		APVRKNTRQF
YDGEESCYII		DAKLEGNLGR		YLNHSCSPNL		FVQNVFVDTH		DLRFPWVAFF
ASKRIRAGTE		LTWDYNYEVG		SVEGKELLCC		CGAIECRGRL		L

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, репресорів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, s-аденозил-l-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Schultz D.C., Ayyanathan K., Negorev D., Maul G.G., Rauscher F.J. III (2002). SETDB1: a novel KAP-1-associated histone H3, lysine 9-specific methyltransferase that contributes to HP1-mediated silencing of euchromatic genes by KRAB zinc-finger proteins. Genes Dev. 16: 919—932. PMID 11959841 DOI:10.1101/gad.973302
• Sarraf S.A., Stancheva I. (2004). Methyl-CpG binding protein MBD1 couples histone H3 methylation at lysine 9 by SETDB1 to DNA replication and chromatin assembly. Mol. Cell. 15: 595—605. PMID 15327775 DOI:10.1016/j.molcel.2004.06.043
• Lyst M.J., Nan X., Stancheva I. (2006). Regulation of MBD1-mediated transcriptional repression by SUMO and PIAS proteins. EMBO J. 25: 5317—5328. PMID 17066076 DOI:10.1038/sj.emboj.7601404
• Kokura K., Sun L., Bedford M.T., Fang J. (2010). Methyl-H3K9-binding protein MPP8 mediates E-cadherin gene silencing and promotes tumour cell motility and invasion. EMBO J. 29: 3673—3687. PMID 20871592 DOI:10.1038/emboj.2010.239
• Serra R.W., Fang M., Park S.M., Hutchinson L., Green M.R. (2014). A KRAS-directed transcriptional silencing pathway that mediates the CpG island methylator phenotype. Elife. 3: E02313—E02313. PMID 24623306 DOI:10.7554/eLife.02313

Див. також

• Хромосома 1