SETD1B

SETD1B (англ. SET domain containing 1B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 12-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 966 амінокислот, а молекулярна маса — 212 803.

SETD1B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3UVO, 4ES0
Ідентифікатори
Символи	SETD1B, KMT2G, Set1B, SET domain containing 1B, SET domain containing 1B, histone lysine methyltransferase, IDDSELD
Зовнішні ІД	OMIM: 611055 MGI: 2652820 HomoloGene: 137311 GeneCards: SETD1B
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleic acid binding • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) • RNA binding • histone-lysine N-methyltransferase activity Клітинна компонента • histone methyltransferase complex • nuclear speck • клітинне ядро • хромосома • нуклеоплазма • гіалоплазма • Set1C/COMPASS complex Біологічний процес • Метилювання • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • histone H3-K4 methylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23067	208043
Ensembl	ENSG00000139718	ENSMUSG00000038384
UniProt	Q9UPS6	Q8CFT2
RefSeq (мРНК)	NM_015048 NM_001353345	NM_001040398 NM_177581
RefSeq (білок)	NP_001340274	NP_001035488
Локус (UCSC)	Хр. 12: 121.8 – 121.83 Mb	Хр. 5: 123.28 – 123.31 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MENSHPPHHH		HQQPPPQPGP		SGERRNHHWR		SYKLMIDPAL		KKGHHKLYRY
DGQHFSLAMS		SNRPVEIVED		PRVVGIWTKN		KELELSVPKF		KIDEFYVGPV
PPKQVTFAKL		NDNIRENFLR		DMCKKYGEVE		EVEILYNPKT		KKHLGIAKVV
FATVRGAKDA		VQHLHSTSVM		GNIIHVELDT		KGETRMRFYE		LLVTGRYTPQ
TLPVGELDAV		SPIVNETLQL		SDALKRLKDG		GLSAGCGSGS		SSVTPNSGGT
PFSQDTAYSS		CRLDTPNSYG		QGTPLTPRLG		TPFSQDSSYS		SRQPTPSYLF
SQDPAVTFKA		RRHESKFTDA		YNRRHEHHYV		HNSPAVTAVA		GATAAFRGSS
DLPFGAVGGT		GGSSGPPFKA		QPQDSATFAH		TPPPAQATPA		PGFKSAFSPY
QTPVAHFPPP		PEEPTATAAF		GARDSGEFRR		APAPPPLPPA		EPLAKEKPGT
PPGPPPPDTN		SMELGGRPTF		GWSPEPCDSP		GTPTLESSPA		GPEKPHDSLD
SRIEMLLKEQ		RTKLLFLREP		DSDTELQMEG		SPISSSSSQL		SPLAPFGTNS
QPGFRGPTPP		SSRPSSTGLE		DISPTPLPDS		DEDEELDLGL		GPRPPPEPGP
PDPAGLLSQT		AEVALDLVGD		RTPTSEKMDE		GQQSSGEDME		ISDDEMPSAP
ITSADCPKPM		VVTPGAAAVA		APSVLAPTLP		LPPPPGFPPL		PPPPPPPPPQ
PGFPMPPPLP		PPPPPPPPAH		PAVTVPPPPL		PAPPGVPPPP		ILPPLPPFPP
GLFPVMQVDM		SHVLGGQWGG		MPMSFQMQTQ		VLSRLMTGQG		ACPYPPFMAA
AAAAASAGLQ		FVNLPPYRGP		FSLSNSGPGR		GQHWPPLPKF		DPSVPPPGYM
PRQEDPHKAT		VDGVLLVVLK		ELKAIMKRDL		NRKMVEVVAF		RAFDEWWDKK
ERMAKASLTP		VKSGEHKDED		RPKPKDRIAS		CLLESWGKGE		GLGYEGLGLG
IGLRGAIRLP		SFKVKRKEPP		DTTSSGDQKR		LRPSTSVDEE		DEESERERDR
DMADTPCELA		KRDPKGVGVR		RRPARPLELD		SGGEEDEKES		LSASSSSSAS
SSSGSSTTSP		SSSASDKEEE		QESTEEEEEA		EEEEEEEVPR		SQLSSSSTSS
TSDKDDDDDD		SDDRDESEND		DEDTALSEAS		EKDEGDSDEE		ETVSIVTSKA
EATSSSESSE		SSEFESSSES		SPSSSEDEEE		VVAREEEEEE		EEEEMVAEES
MASAGPEDFE		QDGEEAALAP		GAPAVDSLGM		EEEVDIETEA		VAPEERPSML
DEPPLPVGVE		EPADSREPPE		EPGLSQEGAM		LLSPEPPAKE		VEARPPLSPE
RAPEHDLEVE		PEPPMMLPLP		LQPPLPPPRP		PRPPSPPPEP		ETTDASHPSV
PPEPLAEDHP		PHTPGLCGSL		AKSQSTETVP		ATPGGEPPLS		GGSSGLSLSS
PQVPGSPFSY		PAPSPSLSSG		GLPRTPGRDF		SFTPTFSEPS		GPLLLPVCPL
PTGRRDERSG		PLASPVLLET		GLPLPLPLPL		PLPLALPAVL		RAQARAPTPL
PPLLPAPLAS		CPPPMKRKPG		RPRRSPPSML		SLDGPLVRPP		AGAALGRELL
LLPGQPQTPV		FPSTHDPRTV		TLDFRNAGIP		APPPPLPPQP		PPPPPPPPVE
PTKLPFKELD		NQWPSEAIPP		GPRGRDEVTE		EYMELAKSRG		PWRRPPKKRH
EDLVPPAGSP		ELSPPQPLFR		PRSEFEEMTI		LYDIWNGGID		EEDIRFLCVT
YERLLQQDNG		MDWLNDTLWV		YHPSTSLSSA		KKKKRDDGIR		EHVTGCARSE
GFYTIDKKDK		LRYLNSSRAS		TDEPPADTQG		MSIPAQPHAS		TRAGSERRSE
QRRLLSSFTG		SCDSDLLKFN		QLKFRKKKLK		FCKSHIHDWG		LFAMEPIAAD
EMVIEYVGQN		IRQVIADMRE		KRYEDEGIGS		SYMFRVDHDT		IIDATKCGNF
ARFINHSCNP		NCYAKVITVE		SQKKIVIYSK		QHINVNEEIT		YDYKFPIEDV
KIPCLCGSEN		CRGTLN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

• Lee J.H., Skalnik D.G. (2012). Rbm15-Mkl1 interacts with the Setd1b histone H3-Lys4 methyltransferase via a SPOC domain that is required for cytokine-independent proliferation. PLoS ONE. 7: E42965—E42965. PMID 22927943 DOI:10.1371/journal.pone.0042965
• Lee J.-H., Tate C.M., You J.-S., Skalnik D.G. (2007). Identification and characterization of the human Set1B histone H3-Lys4 methyltransferase complex. J. Biol. Chem. 282: 13419—13428. PMID 17355966 DOI:10.1074/jbc.M609809200
• Lee J.H., Skalnik D.G. (2008). Wdr82 is a C-terminal domain-binding protein that recruits the Setd1A Histone H3-Lys4 methyltransferase complex to transcription start sites of transcribed human genes. Mol. Cell. Biol. 28: 609—618. PMID 17998332 DOI:10.1128/MCB.01356-07

Див. також

• Хромосома 12