CHD6

CHD6 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на довгому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 715 амінокислот, а молекулярна маса — 305 412.

CHD6
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2EPB
Ідентифікатори
Символи	CHD6, CHD-6, CHD5, RIGB, chromodomain helicase DNA binding protein 6
Зовнішні ІД	OMIM: 616114 MGI: 1918639 HomoloGene: 32772 GeneCards: CHD6
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • transcription coregulator binding • ATP-dependent activity, acting on DNA • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • hydrolase activity, acting on acid anhydrides Клітинна компонента • РНК-полімераза II • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to oxidative stress • transcription, DNA-templated • GO:0022415 viral process • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	84181	71389
Ensembl	ENSG00000124177	ENSMUSG00000057133
UniProt	Q8TD26	A3KFM7
RefSeq (мРНК)	NM_032221	NM_173368
RefSeq (білок)	NP_115597	NP_775544
Локус (UCSC)	Хр. 20: 41.4 – 41.62 Mb	Хр. 2: 160.79 – 160.95 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKMKIQKKEK		QLSNLKVLNH		SPMSDASVNF		DYKSPSPFDC		STDQEEKIED
VASHCLPQKD		LYTAEEEAAT		LFPRKMTSHN		GMEDSGGGGT		GVKKKRKKKE
PGDQEGAAKG		SKDREPKPKR		KREPKEPKEP		RKAKEPKKAK		EHKEPKQKDG
AKKARKPREA		SGTKEAKEKR		SCTDSAARTK		SRKASKEQGP		TPVEKKKKGK
RKSETTVESL		ELDQGLTNPS		LRSPEESTES		TDSQKRRSGR		QVKRRKYNED
LDFKVVDDDG		ETIAVLGAGR		TSALSASTLA		WQAEEPPEDD		ANIIEKILAS
KTVQEVHPGE		PPFDLELFYV		KYRNFSYLHC		KWATMEELEK		DPRIAQKIKR
FRNKQAQMKH		IFTEPDEDLF		NPDYVEVDRI		LEVAHTKDAE		TGEEVTHYLV
KWCSLPYEES		TWELEEDVDP		AKVKEFESLQ		VLPEIKHVER		PASDSWQKLE
KSREYKNSNQ		LREYQLEGMN		WLLFNWYNRK		NCILADEMGL		GKTIQSITFL
SEIFLRGIHG		PFLIIAPLST		ITNWEREFRT		WTEMNAIVYH		GSQISRQMIQ
QYEMVYRDAQ		GNPLSGVFKF		HVVITTFEMI		LADCPELKKI		HWSCVIIDEA
HRLKNRNCKL		LEGLKLMALE		HKVLLTGTPL		QNSVEELFSL		LNFLEPSQFP
SETAFLEEFG		DLKTEEQVKK		LQSILKPMML		RRLKDDVEKN		LAPKQETIIE
VELTNIQKKY		YRAILEKNFS		FLTKGANQHN		MPNLINTMME		LRKCCNHPYL
INGAEEKILE		DFRKTHSPDA		PDFQLQAMIQ		AAGKLVLIDK		LLPKLIAGGH
KVLIFSQMVR		CLDILEDYLI		QRRYTYERID		GRVRGNLRQA		AIDRFCKPDS
DRFVFLLCTR		AGGLGINLTA		ADTCIIFDSD		WNPQNDLQAQ		ARCHRIGQSK
AVKVYRLITR		NSYEREMFDK		ASLKLGLDKA		VLQDINRKGG		TNGVQQLSKM
EVEDLLRKGA		YGALMDEEDE		GSKFCEEDID		QILQRRTHTI		TIQSEGKGST
FAKASFVASG		NRTDISLDDP		NFWQKWAKIA		ELDTEAKNEK		ESLVIDRPRV
RKQTKHYNSF		EEDELMEFSE		LDSDSDERPT		RSRRLNDKAR		RYLRAECFRV
EKNLLIFGWG		RWKDILTHGR		FKWHLNEKDM		EMICRALLVY		CVKHYKGDEK
IKSFIWELIT		PTKDGQAQTL		QNHSGLSAPV		PRGRKGKKTK		NQLLIPELKD
ADWLATCNPE		VVLHDDGYKK		HLKQHCNKVL		LRVRMLYYLK		AEILGEAAEK
AFEGSPAREL		DVPLPDIDYM		EIPVDWWDAE		ADKSLLIGVF		KHGYERYNAM
RADPALCFLE		KVGMPDEKSL		SAEQGVTDGT		SDIPERGNTD		KEDNAEDKVD
GLQKQTESSS		DGGDGVFSEK		KDDSRAAQDG		SDPDKSPWPV		SSALTARLRR
LVTVYQRCNR		KELCRPEILG		PGNQGYWVQE		EMFRRTSEMD		LINKEAQKRW
TRREQADFYR		TVSSFGVVYD		QEKKTFDWTQ		FRIISRLDKK		SDESLEQYFY
SFVAMCRNVC		RLPTWKDGGP		PDTTIYVEPI		TEERAARTLY		RIELLRKVRE
QVLKCPQLHE		RLQLCRPSLY		LPVWWECGKH		DRDLLIGTAK		HGLNRTDCYI
MNDPQLSFLD		AYRNYAQHKR		SGTQAPGNLC		CLYQTNSKLY		ESLTYSQMSR
TSESLENEPE		NLVRVESRDD		HLSLPDVTCE		NFISKVQDVI		SINHDESLLP
ESLESMMYGK		KVLSQEPSSF		QESPSTNTES		RKDVITISIS		KDGNCQSGGP
EAEIASGPTF		MGSLEAGGVA		QANIKNGKHL		LMSISKEGEL		CCSEAGQRPE
NIGQLEAKCL		ASPSLNPGNE		SGFVDMCSLS		VCDSKRNLSS		DQQLIDLLEN
KSLESKLILS		QNHSDEEEEE		EENEEENLAM		AVGMGERPEV		LHLTEPTTNI
SREKNQGFQD		ETKKGSLEVA		NQTPGLQRAF		PAPAACQCHC		KHMERWMHGL
ENDEFEIEKP		KAYIPDLFKS		KTNTIAMEGE		PTAIPSQPFK		VKHELLKEPW
KESAEGQNVF		PTYPLEGSEL		KSEDMDFENK		DDYDRDGNCH		SQDYPGKYSE
EESKSSTSGI		TGDIGDELQE		ARAPTIAQLL		QEKTLYSFSE		WPKDRVIINR
LDNICHVVLK		GKWPSSQQYE		PSGTLPTPVL		TSSAGSRTSL		SEPEAAEHSF
SNGAALAAQI		HKESFLAPVF		TKDEQKHRRP		YEFEVERDAK		ARGLEQFSAT
HGHTPIILNG		WHGESAMDLS		CSSEGSPGAT		SPFPVSASTP		KIGAISSLQG
ALGMDLSGIL		QAGLIHPVTG		QIVNGSLRRD		DAATRRRRGR		RKHVEGGMDL
IFLKEQTLQA		GILEVHEDPG		QATLSTTHPE		GPGPATSAPE		PATAASSQAE
KSIPSKSLLD		WLRQQADYSL		EVPGFGANFS		DKPKQRRPRC		KEPGKLDVSS
LSGEERVPAI		PKEPGLRGFL		PENKFNHTLA		EPILRDTGPR		RRGRRPRSEL
LKAPSIVADS		PSGMGPLFMN		GLIAGMDLVG		LQNMRNMPGI		PLTGLVGFPA
GFATMPTGEE		VKSTLSMLPM		MLPGMAAVPQ		MFGVGGLLSP		PMATTCTSTA
PASLSSTTKS		GTAVTEKTAE		DKPSSHDVKT		DTLAEDKPGP		GPFSDQSEPA
ITTSSPVAFN		PFLIPGVSPG		LIYPSMFLSP		GMGMALPAMQ		QARHSEIVGL
ESQKRKKKKT		KGDNPNSHPE		PAPSCEREPS		GDENCAEPSA		PLPAEREHGA
QAGEGALKDS		NNDTN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Schuster E.F., Stoeger R.J. (2002). CHD5 defines a new subfamily of chromodomain-SWI2/SNF2-like helicases. Mamm. Genome. 13: 117—119. PMID 11889561 DOI:10.1007/s00335-001-3042-6
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 65—73. PMID 10718198 DOI:10.1093/dnares/7.1.65
• Nioi P., Nguyen T., Sherratt P.J., Pickett C.B. (2005). The carboxy-terminal Neh3 domain of Nrf2 is required for transcriptional activation. Mol. Cell. Biol. 25: 10895—10906. PMID 16314513 DOI:10.1128/MCB.25.24.10895-10906.2005
• Lutz T., Stoger R., Nieto A. (2006). CHD6 is a DNA-dependent ATPase and localizes at nuclear sites of mRNA synthesis. FEBS Lett. 580: 5851—5857. PMID 17027977 DOI:10.1016/j.febslet.2006.09.049
• Zhou P.-K., Sui J.-L. (2002). cDNA cloning and transcriptional controlling of a novel radiation-induced gene and its function analysis. Zhonghua Fang She Yi Xue Yu Fang Hu Za Zhi. 22: 73—77.

Див. також

• Хромосома 20