Перший в світі атомний підводний човен USS «Nautilus» (SSN-571) на ходових випробовуваннях.
Спочатку в підводному суднобудуванні однією з найважливіших проблем було збільшення часу перебування під водою і збільшення швидкості підводного ходу — найзначніших характеристик субмарин. Прогресу в цій області заважало недосконалість енергетичних установок, а зокрема — їхня мала потужність і залежність часу перебування під водою від вмісту кисню в повітрі усередині човна. Спершу ці проблеми вирішувалися підвищенням потужності електромоторів, ємності акумуляторів, збільшенням запасу скрапленого кисню, повітря високого тиску, регенеративних патронів. Під час Другої світової війни в Німеччині вперше став серійно застосовуватися пристрій для роботи дизелів під водою — шноркель (прилад РДП) і парогазова турбінна енергетична установка системи Вальтера. У повоєнний в Україні та СРСР, а потім і в інших країнах з'явилася атомна енергетика, почавши новий етап розвитку підводного флоту. Однак, створення мобільного компактного реактора зайняло понад 100 років і потребувало значних зусиль.
Історично першими побудували атомарину в США. За видатні характеристики автономності і підводного плавання човен отримав ім'я «Наутилус» в честь однойменного знаменитого корабля капітана Немо. Слідом за США атомні підводні човни почали будуватися в СРСР. Надалі при активній співпраці з США програму атомного підводного суднобудування почала Велика Британія, а за сприяння СРСР підводні човни з атомними енергетичними установками стали будувати в КНР. Окремо стоїть Франція, яка почала будувати атомарини приблизно в той же час, але розробивши всю програму суднобудування самостійно. Французькі атомні реактори для підводних човнів відрізняються компактністю і хорошим захистом. Вони мають менший термін служби між обслуговуваннями — близько 5 років, що вдвічі менше американських аналогів, але за планом кожні п'ять років французькі човни проходять оновлення радіоелектронного устаткування, і зміна ядерного палива відбувається під час цих ремонтів.
Перші підводні човни з атомними реакторами на борту з'явилися відповідно
у 1963 в лад увійшла перша британська атомарина HMS Dreadnought (S101)
у 1969 почала нести бойову службу перша французька атомна субмарина Le Redoutable (S 611), причому вона відносилася не до торпедних підводних човнів, а до класу стратегічних субмарин
У 1974 свій перший атомний підводний човен ввів в дію Китай
Човни першого і частково другого поколінь не відрізнялися збалансованістю тактико-технічних елементів. Основна увага приділялася таким характеристикам як швидкість і глибина занурення. Але висока шумність і недосконалі системи гідроакустики робили радянські човни глухою і зручною ціллю.
СРСР: торпедні (ПЛАТ, 13 штук за проєктами 627 та 627А); ракетні; із крилатими ракетами (34 одиниці); з балістичними ракетами (8 одиниць).
США: «Nautilus»,
У 1959–1967 США побудували 41 стратегічний атомний підводний човен, оснащені якісно новими ракетами «Polaris». В СРСР же за 1955–1962 роки побудували всього 37 ПЧ з МБР. Це підштовхнуло СРСР до розробки АПЧ другого покоління.
СРСР: у 1967–1974 роках побудували 34 АПЧ за проєктом 667А «Навага». Згодом, за рахунок модернізації та вдосконалення, виникли проєкти 667АУ, 667Б «Мурена» , 667БД «Мурена-М», 667БДР «Кальмар» і 667БДРМ «Дельфін». ПЧ з крилатими ракетами отримали можливість їхнього запуску з підводного положення.
Крім стратегічних розвинувся і напрямок багатоцільових підводних човнів. У 1967–1980 ВМФ СРСР отримав 17 АПЧ з тактичними протикорабельними ракетами і протичовнові — 7 АПЧ цього типу з рідиннометалічною АППУ.
На початку 1980-х з'явилися човни третього покоління. Вони відрізнялися істотно більшою водотоннажністю і наявністю досконалішого озброєння. На цих човнах вперше встановили радіоелектронне озброєння. Як матеріал корпусу почали застосовувати титан і спеціальні сталеві сплави.
СРСР: плани зі створення човнів четвертого покоління були прийняті в кінці 1980-х років, але перші проєкти з'явилися тільки через десятиліття. У 1993 був закладений «Северодвинськ», головний корабель проєкту 855 «Ясень», в 1996 стратегічний ракетоносець «Юрій Долгорукий» проєкту 955 «Борей».
США: підводні човни четвертого покоління представлені проєктами багатоцільових атомарин «Сівулф» і «Вірджинія», будівництво ПЧАРБ нового проєкту не ведеться.
Вважається що в американській класифікації усі атомні ПЧ без балістичних ракет позначаються як SSN (підводні човни атомні), а в радянській вони поділялися на дві групи: ПЧАТ (підводні човни атомні торпедні) і на БПЧАТРК (багатоцільові підводні човни торпедні з ракетами крилатими). Це зумовлено тим, що американці практично відразу почали будувати ПЧА з ракетами крилатими, а в СРСР ще тривалий час будували ПЧА лише з ТА (торпедними апаратами). Хоча і в США БПЧАТРК має своє позначення — SSGN.
Після того як в США і в СРСР навчилися запускати крилаті ракети з ТА усі нові ПЧА є однозначно торпедними і з крилатими ракетами, ПЧАТ і SSGN.
В історії підводного флоту є багато типів ПЧА котрі були тільки суто торпедними, тому є потреба у використані і поняття ПЧА(Т) і відповідно і ПЧА(ТРК).
Випробування реактора S2G з рідко-металічним теплоносієм першого контуру. Випробування виявилися безуспішними і у 1959 році цей реактор був замінений на водо-водяний S2Wa. Після чого човен використовувався вже як бойовий, а пізніше, після модернізації, і як розвідувальний.