YTHDC2

YTHDC2 (англ. YTH domain containing 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 430 амінокислот, а молекулярна маса — 160 248.

YTHDC2
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2YU6
Ідентифікатори
Символи	YTHDC2, CAHL, YTH domain containing 2, hYTHDC2
Зовнішні ІД	OMIM: 616530 MGI: 2448561 HomoloGene: 11265 GeneCards: YTHDC2
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA polymerase binding • ATP binding • hydrolase activity • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • ATP-dependent activity, acting on RNA • RNA binding • N6-methyladenosine-containing RNA binding • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity Клітинна компонента • ендоплазматичний ретикулум • цитоплазма • клітинне ядро • ribonucleoprotein granule Біологічний процес • response to tumor necrosis factor • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • response to interleukin-1 • positive regulation by host of viral genome replication • Сперматогенез • spermatid development • диференціація клітин • Оогенез • oocyte development • GO:0007126 мейоз • germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	64848	240255
Ensembl	ENSG00000047188	ENSMUSG00000034653
UniProt	Q9H6S0	B2RR83
RefSeq (мРНК)	NM_022828 NM_001345975 NM_001345976	NM_001163013
RefSeq (білок)	NP_001332904 NP_001332905 NP_073739	NP_001156485
Локус (UCSC)	Хр. 5: 113.51 – 113.6 Mb	Хр. 18: 44.96 – 45.02 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSRPSSVSPR		QPAPGGGGGG		GPSPCGPGGG		GRAKGLKDIR		IDEEVKIAVN
IALERFRYGD		QREMEFPSSL		TSTERAFIHR		LSQSLGLVSK		SKGKGANRYL
TVKKKDGSET		AHAMMTCNLT		HNTKHAVRSL		IQRFPVTNKE		RTELLPKTER
GNVFAVEAEN		REMSKTSGRL		NNGIPQIPVK		RGESEFDSFR		QSLPVFEKQE
EIVKIIKENK		VVLIVGETGS		GKTTQIPQFL		LDDCFKNGIP		CRIFCTQPRR
LAAIAVAERV		AAERRERIGQ		TIGYQIRLES		RVSPKTLLTF		CTNGVLLRTL
MAGDSTLSTV		THVIVDEVHE		RDRFSDFLLT		KLRDLLQKHP		TLKLILSSAA
LDVNLFIRYF		GSCPVIYIQG		RPFEVKEMFL		EDILRTTGYT		NKEMLKYKKE
KQQEEKQQTT		LTEWYSAQEN		SFKPESQRQR		TVLNVTDEYD		LLDDGGDAVF
SQLTEKDVNC		LEPWLIKEMD		ACLSDIWLHK		DIDAFAQVFH		LILTENVSVD
YRHSETSATA		LMVAAGRGFA		SQVEQLISMG		ANVHSKASNG		WMALDWAKHF
GQTEIVDLLE		SYSATLEFGN		LDESSLVQTN		GSDLSAEDRE		LLKAYHHSFD
DEKVDLDLIM		HLLYNICHSC		DAGAVLIFLP		GYDEIVGLRD		RILFDDKRFA
DSTHRYQVFM		LHSNMQTSDQ		KKVLKNPPAG		VRKIILSTNI		AETSITVNDV
VFVIDSGKVK		EKSFDALNFV		TMLKMVWISK		ASAIQRKGRA		GRCRPGICFR
LFSRLRFQNM		LEFQTPELLR		MPLQELCLHT		KLLAPVNCPI		ADFLMKAPEP
PPALIVRNAV		QMLKTIDAMD		TWEDLTELGY		HLADLPVEPH		LGKMVLCAVV
LKCLDPILTI		ACTLAYRDPF		VLPTQASQKR		AAMLCRKRFT		AGAFSDHMAL
LRAFQAWQKA		RSDGWERAFC		EKNFLSQATM		EIIIGMRTQL		LGQLRASGFV
RARGGGDIRD		VNTNSENWAV		VKAALVAGMY		PNLVHVDREN		LVLTGPKEKK
VRFHPASVLS		QPQYKKIPPA		NGQAAAIKAL		PTDWLIYDEM		TRAHRIANIR
CCSAVTPVTI		LVFCGPARLA		SNALQEPSSF		RVDGIPNDSS		DSEMEDKTTA
NLAALKLDEW		LHFTLEPEAA		SLLLQLRQKW		HSLFLRRMRA		PSKPWSQVDE
ATIRAIIAVL		STEEQSAGLQ		QPSGIGQRPR		PMSSEELPLA		SSWRSNNSRK
SSADTEFSDE		CTTAERVLMK		SPSPALHPPQ		KYKDRGILHP		KRGTEDRSDQ
SSLKSTDSSS		YPSPCASPSP		PSSGKGSKSP		SPRPNMPVRY		FIMKSSNLRN
LEISQQKGIW		STTPSNERKL		NRAFWESSIV		YLVFSVQGSG		HFQGFSRMSS
EIGREKSQDW		GSAGLGGVFK		VEWIRKESLP		FQFAHHLLNP		WNDNKKVQIS
RDGQELEPLV		GEQLLQLWER		LPLGEKNTTD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 5