YTHDC1

YTHDC1 (англ. YTH domain containing 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 727 амінокислот, а молекулярна маса — 84 700.

YTHDC1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2YUD, 4R3H, 4R3I
Ідентифікатори
Символи	YTHDC1, YT521, YT521-B, YTH domain containing 1
Зовнішні ІД	OMIM: 617283 MGI: 2443713 HomoloGene: 15796 GeneCards: YTHDC1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • N6-methyladenosine-containing RNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро • nuclear speck • клітинна мембрана • нуклеоплазма Біологічний процес • mRNA processing • mRNA splice site selection • Сплайсинг РНК • regulation of mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • dosage compensation by inactivation of X chromosome • posttranscriptional regulation of gene expression Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	91746	231386
Ensembl	ENSG00000275272 ENSG00000083896	ENSMUSG00000035851
UniProt	Q96MU7	E9Q5K9
RefSeq (мРНК)	NM_001031732 NM_133370 NM_001330698	NM_177680 NM_001347375 NM_001347376 NM_001359907 NM_001359908
RefSeq (білок)	NP_001026902 NP_001317627 NP_588611	NP_001334304 NP_001334305 NP_808348 NP_001346836 NP_001346837
Локус (UCSC)	Хр. 4: 68.31 – 68.35 Mb	Хр. 5: 86.95 – 86.98 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAADSREEKD		GELNVLDDIL		TEVPEQDDEL		YNPESEQDKN		EKKGSKRKSD
RMESTDTKRQ		KPSVHSRQLV		SKPLSSSVSN		NKRIVSTKGK		SATEYKNEEY
QRSERNKRLD		ADRKIRLSSS		ASREPYKNQP		EKTCVRKRDP		ERRAKSPTPD
GSERIGLEVD		RRASRSSQSS		KEEVNSEEYG		SDHETGSSGS		SDEQGNNTEN
EEEGVEEDVE		EDEEVEEDAE		EDEEVDEDGE		EEEEEEEEEE		EEEEEEEEEY
EQDERDQKEE		GNDYDTRSEA		SDSGSESVSF		TDGSVRSGSG		TDGSDEKKKE
RKRARGISPI		VFDRSGSSAS		ESYAGSEKKH		EKLSSSVRAV		RKDQTSKLKY
VLQDARFFLI		KSNNHENVSL		AKAKGVWSTL		PVNEKKLNLA		FRSARSVILI
FSVRESGKFQ		GFARLSSESH		HGGSPIHWVL		PAGMSAKMLG		GVFKIDWICR
RELPFTKSAH		LTNPWNEHKP		VKIGRDGQEI		ELECGTQLCL		LFPPDESIDL
YQVIHKMRHK		RRMHSQPRSR		GRPSRREPVR		DVGRRRPEDY		DIHNSRKKPR
IDYPPEFHQR		PGYLKDPRYQ		EVDRRFSGVR		RDVFLNGSYN		DYVREFHNMG
PPPPWQGMPP		YPGMEQPPHH		PYYQHHAPPP		QAHPPYSGHH		PVPHEARYRD
KRVHDYDMRV		DDFLRRTQAV		VSGRRSRPRE		RDRERERDRP		RDNRRDRERD
RGRDRERERE		RLCDRDRDRG		ERGRYRR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXII. The complete sequences of 50 new cDNA clones which code for large proteins. DNA Res. 8: 319—327. PMID 11853319 DOI:10.1093/dnares/8.6.319

Див. також

• Хромосома 4