TRIM28

TRIM28 (англ. Tripartite motif containing 28) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 835 амінокислот, а молекулярна маса — 88 550.

TRIM28
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1FP0, 2RO1, 2YVR
Ідентифікатори
Символи	TRIM28, KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, tripartite motif containing 28, TIF1beta
Зовнішні ІД	OMIM: 601742 MGI: 109274 HomoloGene: 21175 GeneCards: TRIM28
Онтологія гена Молекулярна функція • protein kinase activity • Krueppel-associated box domain binding • chromo shadow domain binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • promoter-specific chromatin binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • зв'язування з іоном металу • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ubiquitin protein ligase binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • chromatin binding • zinc ion binding • RNA binding • transferase activity • SUMO transferase activity Клітинна компонента • внутрішньоклітинний • Хроматин • RNA polymerase II transcription regulator complex • клітинне ядро • Нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly • convergent extension involved in axis elongation • embryonic placenta morphogenesis • GO:1900404 positive regulation of DNA repair • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • negative regulation of DNA demethylation • protein phosphorylation • protein complex oligomerization • protein autophosphorylation • DNA methylation involved in embryo development • Ras protein signal transduction • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • GO:0100026 Репарація ДНК • embryo implantation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of genetic imprinting • protein sumoylation • Епітеліально-мезенхімальний перехід • Убіквітин-залежний протеоліз • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of DNA binding • вроджений імунітет • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0022415 viral process • positive regulation of protein import into nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10155	21849
Ensembl	ENSG00000130726	ENSMUSG00000005566
UniProt	Q13263	Q62318
RefSeq (мРНК)	NM_005762	NM_011588
RefSeq (білок)	NP_005753	NP_035718
Локус (UCSC)	Хр. 19: 58.54 – 58.55 Mb	Хр. 7: 12.73 – 12.76 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAASAAAASA		AAASAASGSP		GPGEGSAGGE		KRSTAPSAAA		SASASAAASS
PAGGGAEALE		LLEHCGVCRE		RLRPEREPRL		LPCLHSACSA		CLGPAAPAAA
NSSGDGGAAG		DGTVVDCPVC		KQQCFSKDIV		ENYFMRDSGS		KAATDAQDAN
QCCTSCEDNA		PATSYCVECS		EPLCETCVEA		HQRVKYTKDH		TVRSTGPAKS
RDGERTVYCN		VHKHEPLVLF		CESCDTLTCR		DCQLNAHKDH		QYQFLEDAVR
NQRKLLASLV		KRLGDKHATL		QKSTKEVRSS		IRQVSDVQKR		VQVDVKMAIL
QIMKELNKRG		RVLVNDAQKV		TEGQQERLER		QHWTMTKIQK		HQEHILRFAS
WALESDNNTA		LLLSKKLIYF		QLHRALKMIV		DPVEPHGEMK		FQWDLNAWTK
SAEAFGKIVA		ERPGTNSTGP		APMAPPRAPG		PLSKQGSGSS		QPMEVQEGYG
FGSGDDPYSS		AEPHVSGVKR		SRSGEGEVSG		LMRKVPRVSL		ERLDLDLTAD
SQPPVFKVFP		GSTTEDYNLI		VIERGAAAAA		TGQPGTAPAG		TPGAPPLAGM
AIVKEEETEA		AIGAPPTATE		GPETKPVLMA		LAEGPGAEGP		RLASPSGSTS
SGLEVVAPEG		TSAPGGGPGT		LDDSATICRV		CQKPGDLVMC		NQCEFCFHLD
CHLPALQDVP		GEEWSCSLCH		VLPDLKEEDG		SLSLDGADST		GVVAKLSPAN
QRKCERVLLA		LFCHEPCRPL		HQLATDSTFS		LDQPGGTLDL		TLIRARLQEK
LSPPYSSPQE		FAQDVGRMFK		QFNKLTEDKA		DVQSIIGLQR		FFETRMNEAF
GDTKFSAVLV		EPPPMSLPGA		GLSSQELSGG		PGDGP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, лігаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, убіквітинування білків. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

• Moosmann P.R., Georgiev O., le Douarin B., Bourquin J.-P., Schaffner W. (1996). Transcriptional repression by RING finger protein TIF1 beta that interacts with the KRAB repressor domain of KOX1. Nucleic Acids Res. 24: 4859—4867. PMID 9016654 DOI:10.1093/nar/24.24.4859
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Agata Y., Matsuda E., Shimizu A. (1999). Two novel Kruppel-associated box-containing zinc-finger proteins, KRAZ1 and KRAZ2, repress transcription through functional interaction with the corepressor KAP-1 (TIF1beta/KRIP-1). J. Biol. Chem. 274: 16412—16422. PMID 10347202 DOI:10.1074/jbc.274.23.16412
• Underhill C., Qutob M.S., Yee S.P., Torchia J. (2000). A novel nuclear receptor corepressor complex, N-CoR, contains components of the mammalian SWI/SNF complex and the corepressor KAP-1. J. Biol. Chem. 275: 40463—40470. PMID 11013263 DOI:10.1074/jbc.M007864200
• Schultz D.C., Friedman J.R., Rauscher F.J. III (2001). Targeting histone deacetylase complexes via KRAB-zinc finger proteins: the PHD and bromodomains of KAP-1 form a cooperative unit that recruits a novel isoform of the Mi-2alpha subunit of NuRD. Genes Dev. 15: 428—443. PMID 11230151 DOI:10.1101/gad.869501
• Schultz D.C., Ayyanathan K., Negorev D., Maul G.G., Rauscher F.J. III (2002). SETDB1: a novel KAP-1-associated histone H3, lysine 9-specific methyltransferase that contributes to HP1-mediated silencing of euchromatic genes by KRAB zinc-finger proteins. Genes Dev. 16: 919—932. PMID 11959841 DOI:10.1101/gad.973302

Див. також

• Хромосома 19