Тимін-ДНК-глікозилаза

TDG (англ. Thymine DNA glycosylase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 410 амінокислот, а молекулярна маса — 46 053.

TDG
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 1WYW, 2D07, 2RBA, 3UFJ, 3UO7, 3UOB, 4FNC, 4JGC, 4XEG, 4Z3A, 4Z47, 4Z7B, 4Z7Z, 5CYS
Ідентифікатори
Символи	TDG, hThymine-DNA glycosylase, thymine DNA glycosylase
Зовнішні ІД	OMIM: 601423 MGI: 3645587 HomoloGene: 2415 GeneCards: TDG
Онтологія гена Молекулярна функція • protein homodimerization activity • GO:0001104 transcription coregulator activity • damaged DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • double-stranded DNA binding • hydrolase activity • protein kinase C binding • transcription factor binding • DNA N-glycosylase activity • mismatched DNA binding • protein domain specific binding • DNA binding • magnesium ion binding • uracil DNA N-glycosylase activity • ATP binding • pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity • sodium ion binding • chloride ion binding • SUMO binding • protein self-association • G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity Клітинна компонента • PML body • клітинна мембрана • Нуклеоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • embryo development • negative regulation of chromatin binding • oxidative DNA demethylation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of protein binding • transcription, DNA-templated • cellular response to DNA damage stimulus • depyrimidination • DNA demethylation • base-excision repair • GO:0100026 Репарація ДНК • DNA mismatch repair • Епігенетичне успадкування • base-excision repair, AP site formation • regulation of DNA N-glycosylase activity • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • regulation of embryonic development Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6996	545124
Ensembl	ENSG00000139372	н/д
UniProt	Q13569	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_001008411 NM_003211 NM_001363612	XM_006521630
RefSeq (білок)	NP_003202 NP_001350541	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 12: 103.97 – 103.99 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEAENAGSYS		LQQAQAFYTF		PFQQLMAEAP		NMAVVNEQQM		PEEVPAPAPA
QEPVQEAPKG		RKRKPRTTEP		KQPVEPKKPV		ESKKSGKSAK		SKEKQEKITD
TFKVKRKVDR		FNGVSEAELL		TKTLPDILTF		NLDIVIIGIN		PGLMAAYKGH
HYPGPGNHFW		KCLFMSGLSE		VQLNHMDDHT		LPGKYGIGFT		NMVERTTPGS
KDLSSKEFRE		GGRILVQKLQ		KYQPRIAVFN		GKCIYEIFSK		EVFGVKVKNL
EFGLQPHKIP		DTETLCYVMP		SSSARCAQFP		RAQDKVHYYI		KLKDLRDQLK
GIERNMDVQE		VQYTFDLQLA		QEDAKKMAVK		EEKYDPGYEA		AYGGAYGENP
CSSEPCGFSS		NGLIESVELR		GESAFSGIPN		GQWMTQSFTD		QIPSFSNHCG
TQEQEEESHA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Neddermann P., Jiricny J. (1994). Efficient removal of uracil from G.U mispairs by the mismatch-specific thymine DNA glycosylase from HeLa cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 1642—1646. PMID 8127859 DOI:10.1073/pnas.91.5.1642
• Hardeland U., Steinacher R., Jiricny J., Schaer P. (2002). Modification of the human thymine-DNA glycosylase by ubiquitin-like proteins facilitates enzymatic turnover. EMBO J. 21: 1456—1464. PMID 11889051 DOI:10.1093/emboj/21.6.1456
• Maiti A., Drohat A.C. (2011). Thymine DNA glycosylase can rapidly excise 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine: potential implications for active demethylation of CpG sites. J. Biol. Chem. 286: 35334—35338. PMID 21862836 DOI:10.1074/jbc.C111.284620
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
• Maiti A., Morgan M.T., Pozharski E., Drohat A.C. (2008). Crystal structure of human thymine DNA glycosylase bound to DNA elucidates sequence-specific mismatch recognition. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 8890—8895. PMID 18587051 DOI:10.1073/pnas.0711061105

Див. також

• Хромосома 12