SYNPO

SYNPO (англ. Synaptopodin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 929 амінокислот, а молекулярна маса — 99 463.

SYNPO
Ідентифікатори
Символи	SYNPO, synaptopodin
Зовнішні ІД	OMIM: 608155 MGI: 1099446 HomoloGene: 5274 GeneCards: SYNPO
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • actin binding Клітинна компонента • цитоплазма • перикаріон • Міжклітинні контакти • postsynaptic membrane • dendritic spine • клітинна мембрана • cell projection • синапс • Цитоскелет • мембрана • GO:0097483, GO:0097481 Постсинаптичне ущільнення • bicellular tight junction • Z disc • клітинне ядро • actin cytoskeleton • stress fiber • spine apparatus • Schaffer collateral - CA1 synapse • glutamatergic synapse Біологічний процес • positive regulation of actin filament bundle assembly • regulation of stress fiber assembly • spine apparatus assembly • visual learning • regulation of long-term neuronal synaptic plasticity • modification of dendritic spine • postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission • positive regulation of postsynaptic cytosolic calcium concentration Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11346	104027
Ensembl	ENSG00000171992	ENSMUSG00000043079
UniProt	Q8N3V7	Q8CC35
RefSeq (мРНК)	NM_001109974 NM_001166208 NM_001166209 NM_007286	NM_001109975 NM_177340
RefSeq (білок)	NP_001103444 NP_001159680 NP_001159681 NP_009217	NP_001103445 NP_796314
Локус (UCSC)	Хр. 5: 150.6 – 150.66 Mb	Хр. 18: 60.73 – 60.79 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLGPHLPPPP		LAPSEGRPTP		CAFQIPDGSY		RCLALEAEES		SGEEGLQGEV
GPTDLEEDEG		VSRSGDDSAC		RVTQGTPQLP		KALGIQPPSC		SREEQGASQH
DDRASQDWDV		VKAGQMMTAS		PSPGPGPRVA		QKPALGRSTS		LTEKDLKEAK
ARSQQIAAQL		TTPPSSNSRG		VQLFNRRRQR		VNEFTLESHG		QRGQKPSQES
LRVLPSSLPG		HAPGLSLSST		SLPEPGPPRH		PSPQSPDRGV		PGHSMEGYSE
EASLLRHLEK		VASEEEEVPL		VVYLKENAAL		LTANGLHLSQ		NREAQQSSPA
PPPAEVHSPA		ADVNQNLASP		SATLTTPTSN		SSHNPPATDV		NQNPPATVVP
QSLPLSSIQQ		NSSEAQLPSN		GTGPASKPST		LCADGQPQAP		AEEVRCSTLL
IDKVSTPATT		TSTFSREATL		IPSSRPPASD		FMSSSLLIDI		QPNTLVVSAD
QEMSGRAAAT		TPTKVYSEVH		FTLAKPPSVV		NRTARPFGIQ		APGGTSQMER
SPMLERRHFG		EKAPAPQPPS		LPDRSPRPQR		HIMSRSPMVE		RRMMGQRSPA
SERRPLGNFT		APPTYTETLS		TAPLASWVRS		PPSYSVLYPS		SDPKSSHLKG
QAVPASKTGI		LEESMARRGS		RKSMFTFVEK		PKVTPNPDLL		DLVQTADEKR
RQRDQGEVGV		EEEPFALGAE		ASNFQQEPAP		RDRASPAAAE		EVVPEWASCL
KSPRIQAKPK		PKPNQNLSEA		SGKGAELYAR		RQSRMEKYVI		ESSSHTPELA
RCPSPTMSLP		SSWKYPTNAP		GAFRVASRSP		ARTPPASLYH		GYLPENGVLR
PEPTKQPPYQ		LRPSLFVLSP		IKEPAKVSPR		AASPAKPSSL		DLVPNLPKGA
LPPSPALPRP		SRSSPGLYTS		PGQDSLQPTA		VSPPYGGDIS		PVSPSRAWSP
RAKQAPRPSF		STRNAGIEAQ		VWKPSFCFK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з молекулою актину. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, клітинних контактах, клітинних відростках, щільних контактах, синапсах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Patrie K.M., Drescher A.J., Welihinda A., Mundel P., Margolis B. (2002). Interaction of two actin-binding proteins, synaptopodin and alpha-actinin-4, with the tight junction protein MAGI-1. J. Biol. Chem. 277: 30183—30190. PMID 12042308 DOI:10.1074/jbc.M203072200

Див. також

• Хромосома 5