SNRPD1

SNRPD1 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein D1 polypeptide) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 18-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 119 амінокислот, а молекулярна маса — 13 282.

SNRPD1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1B34, 3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRPD1, HsT2456, SMD1, SNRPD, Sm-D1, Small nuclear ribonucleoprotein D1, small nuclear ribonucleoprotein D1 polypeptide
Зовнішні ІД	OMIM: 601063 MGI: 98344 HomoloGene: 107532 GeneCards: SNRPD1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • U1 snRNP binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • prespliceosome • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal tri-snRNP complex • U5 snRNP • U12-type spliceosomal complex • U2 snRNP • нуклеоплазма • methylosome • precatalytic spliceosome • small nuclear ribonucleoprotein complex • pICln-Sm protein complex • spliceosomal complex • commitment complex • U4 snRNP • клітинне ядро • U1 snRNP • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • mRNA processing • spliceosomal complex assembly • Сплайсинг РНК • import into nucleus • spliceosomal snRNP assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6632	20641
Ensembl	ENSG00000167088	ENSMUSG00000002477
UniProt	P62314	P62315
RefSeq (мРНК)	NM_006938 NM_001291916	NM_009226
RefSeq (білок)	NP_001278845 NP_008869	NP_033252
Локус (UCSC)	Хр. 18: 21.61 – 21.63 Mb	Хр. 18: 10.62 – 10.64 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKLVRFLMKL		SHETVTIELK		NGTQVHGTIT		GVDVSMNTHL		KAVKMTLKNR
EPVQLETLSI		RGNNIRYFIL		PDSLPLDTLL		VDVEPKVKSK		KREAVAGRGR
GRGRGRGRGR		GRGRGGPRR

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Rokeach L.A., Haselby J.A., Hoch S.O. (1988). Molecular cloning of a cDNA encoding the human Sm-D autoantigen. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85: 4832—4836. PMID 3260384 DOI:10.1073/pnas.85.13.4832
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Pomeranz Krummel D.A., Oubridge C., Leung A.K., Li J., Nagai K. (2009). Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. Nature. 458: 475—480. PMID 19325628 DOI:10.1038/nature07851
• Weber G., Trowitzsch S., Kastner B., Luhrmann R., Wahl M.C. (2010). Functional organization of the Sm core in the crystal structure of human U1 snRNP. EMBO J. 29: 4172—4184. PMID 21113136 DOI:10.1038/emboj.2010.295
• Leung A.K., Nagai K., Li J. (2011). Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis. Nature. 473: 536—539. PMID 21516107 DOI:10.1038/nature09956

Див. також

• Хромосома 18