RNPS1

RNPS1 (англ. RNA binding protein with serine rich domain 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 305 амінокислот, а молекулярна маса — 34 208.

RNPS1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4A8X
Ідентифікатори
Символи	RNPS1, E5.1, RNA binding protein with serine rich domain 1
Зовнішні ІД	OMIM: 606447 MGI: 97960 HomoloGene: 40648 GeneCards: RNPS1
Онтологія гена Молекулярна функція • mRNA 3'-UTR binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • nuclear speck • exon-exon junction complex • нуклеоплазма • ASAP complex • клітинне ядро Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA processing • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • transcription, DNA-templated • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • Сплайсинг РНК • positive regulation of apoptotic process • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA 3'-end processing • RNA export from nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10921	19826
Ensembl	ENSG00000205937	ENSMUSG00000034681
UniProt	Q15287	Q99M28
RefSeq (мРНК)	NM_001286625 NM_001286626 NM_001286627 NM_006711 NM_080594	NM_001080127 NM_001080128 NM_009070 NM_001357626
RefSeq (білок)	NP_001273554 NP_001273555 NP_001273556 NP_006702 NP_542161	NP_001073596 NP_001073597 NP_033096 NP_001344555
Локус (UCSC)	Хр. 16: 2.25 – 2.27 Mb	Хр. 17: 24.63 – 24.64 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDLSGVKKKS		LLGVKENNKK		SSTRAPSPTK		RKDRSDEKSK		DRSKDKGATK
ESSEKDRGRD		KTRKRRSASS		GSSSTRSRSS		STSSSGSSTS		TGSSSGSSSS
SASSRSGSSS		TSRSSSSSSS		SGSPSPSRRR		HDNRRRSRSK		SKPPKRDEKE
RKRRSPSPKP		TKVHIGRLTR		NVTKDHIMEI		FSTYGKIKMI		DMPVERMHPH
LSKGYAYVEF		ENPDEAEKAL		KHMDGGQIDG		QEITATAVLA		PWPRPPPRRF
SPPRRMLPPP		PMWRRSPPRM		RRRSRSPRRR		SPVRRRSRSP		GRRRHRSRSS
SNSSR

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Badolato J., Gardiner E., Morrison N., Eisman J. (1995). Identification and characterisation of a novel human RNA-binding protein. Gene. 166: 323—327. PMID 8543184 DOI:10.1016/0378-1119(95)00571-4
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 DOI:10.1093/emboj/19.24.6860
• Harada K., Yamada A., Yang D., Itoh K., Shichijo S. (2001). Binding of a SART3 tumor-rejection antigen to a pre-mRNA splicing factor RNPS1: a possible regulation of splicing by a complex formation. Int. J. Cancer. 93: 623—628. PMID 11477570 DOI:10.1002/ijc.1391
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
• McCracken S., Longman D., Johnstone I.L., Caceres J.F., Blencowe B.J. (2003). An evolutionarily conserved role for SRm160 in 3'-end processing that functions independently of exon junction complex formation. J. Biol. Chem. 278: 44153—44160. PMID 12944400 DOI:10.1074/jbc.M306856200

Див. також

• Хромосома 16