PSPC1

PSPC1 (англ. Paraspeckle component 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 13-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 523 амінокислот, а молекулярна маса — 58 744.

PSPC1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3SDE
Ідентифікатори
Символи	PSPC1, PSP1, paraspeckle component 1
Зовнішні ІД	OMIM: 612408 MGI: 1913895 HomoloGene: 10108 GeneCards: PSPC1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • nucleic acid binding • RNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • E-box binding Клітинна компонента • цитоплазма • nuclear matrix • paraspeckles • nuclear speck • клітинне ядро • нуклеоплазма • fibrillar center • ядерце Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of circadian rhythm • transcription, DNA-templated • ритмічний процес • activation of innate immune response • процес імунної системи • вроджений імунітет • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55269	66645
Ensembl	ENSG00000121390	ENSMUSG00000021938
UniProt	Q8WXF1	Q8R326
RefSeq (мРНК)	NM_001042414 NM_001354908 NM_001354909 NM_001363660	NM_025682 NM_001360420
RefSeq (білок)	NP_001035879 NP_001341837 NP_001341838 NP_001350589	NP_079958 NP_001347349
Локус (UCSC)	Хр. 13: 19.67 – 19.78 Mb	Хр. 14: 56.96 – 57.02 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MMLRGNLKQV		RIEKNPARLR		ALESAVGESE		PAAAAAMALA		LAGEPAPPAP
APPEDHPDEE		MGFTIDIKSF		LKPGEKTYTQ		RCRLFVGNLP		TDITEEDFKR
LFERYGEPSE		VFINRDRGFG		FIRLESRTLA		EIAKAELDGT		ILKSRPLRIR
FATHGAALTV		KNLSPVVSNE		LLEQAFSQFG		PVEKAVVVVD		DRGRATGKGF
VEFAAKPPAR		KALERCGDGA		FLLTTTPRPV		IVEPMEQFDD		EDGLPEKLMQ
KTQQYHKERE		QPPRFAQPGT		FEFEYASRWK		ALDEMEKQQR		EQVDRNIREA
KEKLEAEMEA		ARHEHQLMLM		RQDLMRRQEE		LRRLEELRNQ		ELQKRKQIQL
RHEEEHRRRE		EEMIRHREQE		ELRRQQEGFK		PNYMENREQE		MRMGDMGPRG
AINMGDAFSP		APAGNQGPPP		MMGMNMNNRA		TIPGPPMGPG		PAMGPEGAAN
MGTPMMPDNG		AVHNDRFPQG		PPSQMGSPMG		SRTGSETPQA		PMSGVGPVSG
GPGGFGRGSQ		GGNFEGPNKR		RRY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетилювання, альтернативний сплайсинг, метилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Fox A.H., Bond C.S., Lamond A.I. (2005). P54nrb forms a heterodimer with PSP1 that localizes to paraspeckles in an RNA-dependent manner. Mol. Biol. Cell. 16: 5304—5315. PMID 16148043 DOI:10.1091/mbc.E05-06-0587

Див. також

• Хромосома 13