PRPF19

PRPF19 (англ. Pre-mRNA processing factor 19) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 504 амінокислот, а молекулярна маса — 55 181.

PRPF19
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4LG8
Ідентифікатори
Символи	PRPF19, NMP200, PRP19, PSO4, SNEV, UBOX4, hPSO4, pre-mRNA processing factor 19
Зовнішні ІД	OMIM: 608330 MGI: 106247 HomoloGene: 6421 GeneCards: PRPF19
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • ubiquitin-ubiquitin ligase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • transferase activity Клітинна компонента • site of double-strand break • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • lipid droplet • веретено поділу • Prp19 complex • DNA replication factor A complex • spliceosomal complex • цитоскелет • клітинне ядро • цитоплазма • нуклеоплазма • U2-type catalytic step 1 spliceosome • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • spliceosomal tri-snRNP complex assembly • lipid biosynthetic process • negative regulation of neuron differentiation • positive regulation of astrocyte differentiation • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome • protein K63-linked ubiquitination • mRNA processing • protein polyubiquitination • inner cell mass cell proliferation • cellular response to DNA damage stimulus • spliceosomal complex assembly • Убіквітин-залежний протеоліз • proteasomal protein catabolic process • transcription-coupled nucleotide-excision repair • double-strand break repair via nonhomologous end joining • GO:0100026 Репарація ДНК • Сплайсинг РНК • generation of catalytic spliceosome for first transesterification step • positive regulation of neuron differentiation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	27339	28000
Ensembl	ENSG00000110107	ENSMUSG00000024735
UniProt	Q9UMS4	Q99KP6
RefSeq (мРНК)	NM_014502	NM_001253843 NM_001253844 NM_134129
RefSeq (білок)	NP_055317	NP_001240772 NP_001240773 NP_598890
Локус (UCSC)	Хр. 11: 60.89 – 60.91 Mb	Хр. 19: 10.87 – 10.89 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSLICSISNE		VPEHPCVSPV		SNHVYERRLI		EKYIAENGTD		PINNQPLSEE
QLIDIKVAHP		IRPKPPSATS		IPAILKALQD		EWDAVMLHSF		TLRQQLQTTR
QELSHALYQH		DAACRVIARL		TKEVTAAREA		LATLKPQAGL		IVPQAVPSSQ
PSVVGAGEPM		DLGELVGMTP		EIIQKLQDKA		TVLTTERKKR		GKTVPEELVK
PEELSKYRQV		ASHVGLHSAS		IPGILALDLC		PSDTNKILTG		GADKNVVVFD
KSSEQILATL		KGHTKKVTSV		VFHPSQDLVF		SASPDATIRI		WSVPNASCVQ
VVRAHESAVT		GLSLHATGDY		LLSSSDDQYW		AFSDIQTGRV		LTKVTDETSG
CSLTCAQFHP		DGLIFGTGTM		DSQIKIWDLK		ERTNVANFPG		HSGPITSIAF
SENGYYLATA		ADDSSVKLWD		LRKLKNFKTL		QLDNNFEVKS		LIFDQSGTYL
ALGGTDVQIY		ICKQWTEILH		FTEHSGLTTG		VAFGHHAKFI		ASTGMDRSLK
FYSL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до трансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, ядрі, ліпідних краплях.

Література

• Mahajan K.N., Mitchell B.S. (2003). Role of human Pso4 in mammalian DNA repair and association with terminal deoxynucleotidyl transferase. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100: 10746—10751. PMID 12960389 DOI:10.1073/pnas.1631060100
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Hatakeyama S., Yada M., Matsumoto M., Ishida N., Nakayama K.I. (2001). U box proteins as a new family of ubiquitin-protein ligases. J. Biol. Chem. 276: 33111—33120. PMID 11435423 DOI:10.1074/jbc.M102755200
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Sihn C.R., Cho S.Y., Lee J.H., Lee T.R., Kim S.H. (2007). Mouse homologue of yeast Prp19 interacts with mouse SUG1, the regulatory subunit of 26S proteasome. Biochem. Biophys. Res. Commun. 356: 175—180. PMID 17349974 DOI:10.1016/j.bbrc.2007.02.134
• David C.J., Boyne A.R., Millhouse S.R., Manley J.L. (2011). The RNA polymerase II C-terminal domain promotes splicing activation through recruitment of a U2AF65-Prp19 complex. Genes Dev. 25: 972—983. PMID 21536736 DOI:10.1101/gad.2038011

Див. також

• Хромосома 11