MMP13

MMP13
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1EUB, 1FLS, 1FM1, 1PEX, 1XUC, 1XUD, 1XUR, 1YOU, 1ZTQ, 2D1N, 2E2D, 2OW9, 2OZR, 2PJT, 2YIG, 3ELM, 3I7G, 3I7I, 3KEC, 3KEJ, 3KEK, 3KRY, 3LJZ, 3O2X, 3TVC, 3WV1, 3WV2, 3WV3, 3ZXH, 456C, 4A7B, 4FU4, 4FVL, 4G0D, 4JP4, 4JPA, 4L19, 5BOT, 5BOY, 5BPA, 830C
Ідентифікатори
Символи	MMP13, CLG3, MANDP1, MMP-13, Matrix metallopeptidase 13, MDST
Зовнішні ІД	OMIM: 600108 MGI: 1340026 HomoloGene: 20548 GeneCards: MMP13
Пов'язані генетичні захворювання
	spondyloepimetaphyseal dysplasia, Missouri type, metaphyseal chondrodysplasia, Spahr type
Реагує на сполуку
	apratastat, cts-1027
Онтологія гена
Молекулярна функція	• collagen binding; • zinc ion binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:0070122 peptidase activity; • metalloendopeptidase activity; • hydrolase activity; • metallopeptidase activity; • serine-type endopeptidase activity; • calcium ion binding;
Клітинна компонента	• GO:0005578 Позаклітинна матриця; • extracellular region; • міжклітинний простір;
Біологічний процес	• growth plate cartilage development; • bone mineralization; • bone morphogenesis; • extracellular matrix disassembly; • осифікація ендохондральна; • протеоліз; • cartilage development; • collagen catabolic process; • extracellular matrix organization; • response to amyloid-beta;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	4322
	17386
	ENSG00000137745
	ENSMUSG00000050578
	P45452
	P33435
	NM_002427
	NM_008607
	NP_002418
	NP_032633
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

MMP13 (англ. Matrix metallopeptidase 13) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 471 амінокислот, а молекулярна маса — 53 820^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MHPGVLAAFL	FLSWTHCRAL	PLPSGGDEDD	LSEEDLQFAE	RYLRSYYHPT
NLAGILKENA	ASSMTERLRE	MQSFFGLEVT	GKLDDNTLDV	MKKPRCGVPD
VGEYNVFPRT	LKWSKMNLTY	RIVNYTPDMT	HSEVEKAFKK	AFKVWSDVTP
LNFTRLHDGI	ADIMISFGIK	EHGDFYPFDG	PSGLLAHAFP	PGPNYGGDAH
FDDDETWTSS	SKGYNLFLVA	AHEFGHSLGL	DHSKDPGALM	FPIYTYTGKS
HFMLPDDDVQ	GIQSLYGPGD	EDPNPKHPKT	PDKCDPSLSL	DAITSLRGET
MIFKDRFFWR	LHPQQVDAEL	FLTKSFWPEL	PNRIDAAYEH	PSHDLIFIFR
GRKFWALNGY	DILEGYPKKI	SELGLPKEVK	KISAAVHFED	TGKTLLFSGN
QVWRYDDTNH	IMDKDYPRLI	EEDFPGIGDK	VDAVYEKNGY	IYFFNGPIQF
EYSIWSNRIV	RVMPANSILW	C

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, металопротеаз, фосфопротеїнів. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном кальцію. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Knaeuper V., Lopez-Otin C., Smith B., Knight G., Murphy G. (1996). Biochemical characterization of human collagenase-3. J. Biol. Chem. 271: 1544—1550. PMID 8576151 DOI:10.1074/jbc.271.3.1544
Fosang A.J., Last K., Knaeuper V., Murphy G., Neame P.J. (1996). Degradation of cartilage aggrecan by collagenase-3 (MMP-13). FEBS Lett. 380: 17—20. PMID 8603731 DOI:10.1016/0014-5793(95)01539-6
Li D., Weber D.R., Deardorff M.A., Hakonarson H., Levine M.A. (2015). Exome sequencing reveals a nonsense mutation in MMP13 as a new cause of autosomal recessive metaphyseal anadysplasia. Eur. J. Hum. Genet. 23: 264—266. PMID 24781753 DOI:10.1038/ejhg.2014.76
Maskos K., Lang R., Tschesche H., Bode W. (2007). Flexibility and variability of TIMP binding: X-ray structure of the complex between collagenase-3/MMP-13 and TIMP-2. J. Mol. Biol. 366: 1222—1231. PMID 17196980 DOI:10.1016/j.jmb.2006.11.072
Stura E.A., Visse R., Cuniasse P., Dive V., Nagase H. (2013). Crystal structure of full-length human collagenase 3 (MMP-13) with peptides in the active site defines exosites in the catalytic domain. FASEB J. 27: 4395—4405. PMID 23913860 DOI:10.1096/fj.13-233601

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з MMP13 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Matrix metallopeptidase 13 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7159 (англ.) . Архів оригіналу за 3 квітня 2016. Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, P45452 (англ.) . Архів оригіналу за 5 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 11

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з MMP13 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Matrix metallopeptidase 13 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7159 (англ.) . Архів оригіналу за 3 квітня 2016. Процитовано 8 вересня 2017.

[UniProt-6] UniProt, P45452 (англ.) . Архів оригіналу за 5 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]