LIG1

LIG1 (англ. DNA ligase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 919 амінокислот, а молекулярна маса — 101 736.

LIG1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1X9N
Ідентифікатори
Символи	LIG1, DNA ligase 1, LIGI, hLig1, IMD96
Зовнішні ІД	OMIM: 126391 MGI: 101789 HomoloGene: 197 GeneCards: LIG1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • DNA ligase (ATP) activity • зв'язування з іоном металу • ligase activity • ATP binding • DNA ligase activity Клітинна компонента • внутрішньоклітинна мембранна органела • Нуклеоплазма • мітохондрія • клітинне ядро • цитоплазма Біологічний процес • nucleotide-excision repair, DNA gap filling • DNA recombination • DNA biosynthetic process • anatomical structure morphogenesis • Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication • cellular response to DNA damage stimulus • поділ клітини • Реплікація ДНК • V(D)J-рекомбінація • DNA mismatch repair • DNA ligation involved in DNA repair • клітинний цикл • transcription-coupled nucleotide-excision repair • GO:0100026 Репарація ДНК • base-excision repair • DNA ligation • lagging strand elongation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3978	16881
Ensembl	ENSG00000105486	ENSMUSG00000056394
UniProt	P18858	P37913
RefSeq (мРНК)	NM_000234 NM_001289063 NM_001289064 NM_001320970 NM_001320971	NM_001083188 NM_001199310 NM_010715
RefSeq (білок)	NP_000225 NP_001275992 NP_001275993 NP_001307899 NP_001307900	NP_001076657 NP_001186239 NP_034845
Локус (UCSC)	Хр. 19: 48.12 – 48.17 Mb	Хр. 7: 13.01 – 13.05 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MQRSIMSFFH		PKKEGKAKKP		EKEASNSSRE		TEPPPKAALK		EWNGVVSESD
SPVKRPGRKA		ARVLGSEGEE		EDEALSPAKG		QKPALDCSQV		SPPRPATSPE
NNASLSDTSP		MDSSPSGIPK		RRTARKQLPK		RTIQEVLEEQ		SEDEDREAKR
KKEEEEEETP		KESLTEAEVA		TEKEGEDGDQ		PTTPPKPLKT		SKAETPTESV
SEPEVATKQE		LQEEEEQTKP		PRRAPKTLSS		FFTPRKPAVK		KEVKEEEPGA
PGKEGAAEGP		LDPSGYNPAK		NNYHPVEDAC		WKPGQKVPYL		AVARTFEKIE
EVSARLRMVE		TLSNLLRSVV		ALSPPDLLPV		LYLSLNHLGP		PQQGLELGVG
DGVLLKAVAQ		ATGRQLESVR		AEAAEKGDVG		LVAENSRSTQ		RLMLPPPPLT
ASGVFSKFRD		IARLTGSAST		AKKIDIIKGL		FVACRHSEAR		FIARSLSGRL
RLGLAEQSVL		AALSQAVSLT		PPGQEFPPAM		VDAGKGKTAE		ARKTWLEEQG
MILKQTFCEV		PDLDRIIPVL		LEHGLERLPE		HCKLSPGIPL		KPMLAHPTRG
ISEVLKRFEE		AAFTCEYKYD		GQRAQIHALE		GGEVKIFSRN		QEDNTGKYPD
IISRIPKIKL		PSVTSFILDT		EAVAWDREKK		QIQPFQVLTT		RKRKEVDASE
IQVQVCLYAF		DLIYLNGESL		VREPLSRRRQ		LLRENFVETE		GEFVFATSLD
TKDIEQIAEF		LEQSVKDSCE		GLMVKTLDVD		ATYEIAKRSH		NWLKLKKDYL
DGVGDTLDLV		VIGAYLGRGK		RAGRYGGFLL		ASYDEDSEEL		QAICKLGTGF
SDEELEEHHQ		SLKALVLPSP		RPYVRIDGAV		IPDHWLDPSA		VWEVKCADLS
LSPIYPAARG		LVDSDKGISL		RFPRFIRVRE		DKQPEQATTS		AQVACLYRKQ
SQIQNQQGED		SGSDPEDTY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до лігаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинний цикл, поділ клітини, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, реплікація ДНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном магнію. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Petrini J.H.J., Huwiler K.G., Weaver D.T. (1991). A wild-type DNA ligase I gene is expressed in Bloom's syndrome cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88: 7615—7619. PMID 1881902 DOI:10.1073/pnas.88.17.7615
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Pascal J.M., O'Brien P.J., Tomkinson A.E., Ellenberger T. (2004). Human DNA ligase I completely encircles and partially unwinds nicked DNA. Nature. 432: 473—478. PMID 15565146 DOI:10.1038/nature03082
• Barnes D.E., Tomkinson A.E., Lehmann A.R., Webster A.D.B., Lindahl T. (1992). Mutations in the DNA ligase I gene of an individual with immunodeficiencies and cellular hypersensitivity to DNA-damaging agents. Cell. 69: 495—503. PMID 1581963 DOI:10.1016/0092-8674(92)90450-Q

Див. також

• Хромосома 19