KHSRP

KHSRP (англ. KH-type splicing regulatory protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 711 амінокислот, а молекулярна маса — 73 115.

KHSRP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2HH2, 2HH3, 2JVZ, 2OPU, 2OPV, 4B8T
Ідентифікатори
Символи	KHSRP, FBP2, FUBP2, KSRP, KH-type splicing regulatory protein, p75
Зовнішні ІД	OMIM: 603445 MGI: 1336214 HomoloGene: 2734 GeneCards: KHSRP
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • mRNA binding • mRNA 3'-UTR AU-rich region binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • мембрана • нуклеоплазма • cytoplasmic stress granule • клітинне ядро • Екзосома Біологічний процес • mRNA transport • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • mRNA catabolic process • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA processing • transcription, DNA-templated • regulation of miRNA metabolic process • Сплайсинг РНК • cellular response to cytokine stimulus • negative regulation of nitric oxide biosynthetic process • positive regulation of mRNA catabolic process • 3'-UTR-mediated mRNA destabilization • regulation of mRNA stability • GO:0061715 miRNA metabolic process • GO:0015915 транспорт • negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8570	16549
Ensembl	ENSG00000088247	ENSMUSG00000007670
UniProt	Q92945	Q3U0V1
RefSeq (мРНК)	NM_003685 NM_001366299 NM_001366300	NM_010613
RefSeq (білок)	NP_003676 NP_001353228 NP_001353229	NP_034743
Локус (UCSC)	Хр. 19: 6.41 – 6.42 Mb	Хр. 17: 57.33 – 57.34 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSDYSTGGPP		PGPPPPAGGG		GGAGGAGGGP		PPGPPGAGDR		GGGGPGGGGP
GGGSAGGPSQ		PPGGGGPGIR		KDAFADAVQR		ARQIAAKIGG		DAATTVNNST
PDFGFGGQKR		QLEDGDQPES		KKLASQGDSI		SSQLGPIHPP		PRTSMTEEYR
VPDGMVGLII		GRGGEQINKI		QQDSGCKVQI		SPDSGGLPER		SVSLTGAPES
VQKAKMMLDD		IVSRGRGGPP		GQFHDNANGG		QNGTVQEIMI		PAGKAGLVIG
KGGETIKQLQ		ERAGVKMILI		QDGSQNTNVD		KPLRIIGDPY		KVQQACEMVM
DILRERDQGG		FGDRNEYGSR		IGGGIDVPVP		RHSVGVVIGR		SGEMIKKIQN
DAGVRIQFKQ		DDGTGPEKIA		HIMGPPDRCE		HAARIINDLL		QSLRSGPPGP
PGGPGMPPGG		RGRGRGQGNW		GPPGGEMTFS		IPTHKCGLVI		GRGGENVKAI
NQQTGAFVEI		SRQLPPNGDP		NFKLFIIRGS		PQQIDHAKQL		IEEKIEGPLC
PVGPGPGGPG		PAGPMGPFNP		GPFNQGPPGA		PPHAGGPPPH		QYPPQGWGNT
YPQWQPPAPH		DPSKAAAAAA		DPNAAWAAYY		SHYYQQPPGP		VPGPAPAPAA
PPAQGEPPQP		PPTGQSDYTK		AWEEYYKKIG		QQPQQPGAPP		QQDYTKAWEE
YYKKQAQVAT		GGGPGAPPGS		QPDYSAAWAE		YYRQQAAYYG		QTPGPGGPQP
PPTQQGQQQA		Q

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, транспорт, транспорт мРНК. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Min H., Turck C.W., Nikolic J.M., Black D.L. (1997). A new regulatory protein, KSRP, mediates exon inclusion through an intronic splicing enhancer. Genes Dev. 11: 1023—1036. PMID 9136930 DOI:10.1101/gad.11.8.1023
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Davis-Smyth T., Duncan R.C., Zheng T., Michelotti G., Levens D. (1996). The far upstream element-binding proteins comprise an ancient family of single-strand DNA-binding transactivators. J. Biol. Chem. 271: 31679—31687. PMID 8940189 DOI:10.1074/jbc.271.49.31679
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Див. також

• Хромосома 19