KDM5D

KDM5D (англ. Lysine demethylase 5D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на Y-хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 539 амінокислот, а молекулярна маса — 174 073.

KDM5D
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2E6R, 2YQE
Ідентифікатори
Символи	KDM5D, HY, HYA, JARID1D, SMCY, lysine demethylase 5D
Зовнішні ІД	OMIM: 426000 MGI: 99780 HomoloGene: 55838 GeneCards: KDM5D
Онтологія гена Молекулярна функція • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • DNA binding • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • androgen receptor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • methylated histone binding Клітинна компонента • клітинне ядро • Нуклеоплазма • fibrillar center • компонент клітини • histone methyltransferase complex Біологічний процес • histone H3-K4 demethylation • T cell antigen processing and presentation • transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of androgen receptor signaling pathway • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • Ремоделювання хроматину Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8284	20592
Ensembl	ENSG00000012817	ENSMUSG00000056673
UniProt	Q9BY66	Q62240
RefSeq (мРНК)	NM_001146705 NM_001146706 NM_004653	NM_011419
RefSeq (білок)	NP_001140177 NP_001140178 NP_004644	NP_035549
Локус (UCSC)	Хр. Y: 19.7 – 19.74 Mb	Хр. Y: 0.9 – 0.96 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEPGCDEFLP		PPECPVFEPS		WAEFQDPLGY		IAKIRPIAEK		SGICKIRPPA
DWQPPFAVEV		DNFRFTPRVQ		RLNELEAQTR		VKLNYLDQIA		KFWEIQGSSL
KIPNVERKIL		DLYSLSKIVI		EEGGYEAICK		DRRWARVAQR		LHYPPGKNIG
SLLRSHYERI		IYPYEMFQSG		ANHVQCNTHP		FDNEVKDKEY		KPHSIPLRQS
VQPSKFSSYS		RRAKRLQPDP		EPTEEDIEKH		PELKKLQIYG		PGPKMMGLGL
MAKDKDKTVH		KKVTCPPTVT		VKDEQSGGGN		VSSTLLKQHL		SLEPCTKTTM
QLRKNHSSAQ		FIDSYICQVC		SRGDEDDKLL		FCDGCDDNYH		IFCLLPPLPE
IPRGIWRCPK		CILAECKQPP		EAFGFEQATQ		EYSLQSFGEM		ADSFKSDYFN
MPVHMVPTEL		VEKEFWRLVS		SIEEDVTVEY		GADIHSKEFG		SGFPVSNSKQ
NLSPEEKEYA		TSGWNLNVMP		VLDQSVLCHI		NADISGMKVP		WLYVGMVFSA
FCWHIEDHWS		YSINYLHWGE		PKTWYGVPSL		AAEHLEEVMK		MLTPELFDSQ
PDLLHQLVTL		MNPNTLMSHG		VPVVRTNQCA		GEFVITFPRA		YHSGFNQGYN
FAEAVNFCTA		DWLPAGRQCI		EHYRRLRRYC		VFSHEELICK		MAAFPETLDL
NLAVAVHKEM		FIMVQEERRL		RKALLEKGVT		EAEREAFELL		PDDERQCIKC
KTTCFLSALA		CYDCPDGLVC		LSHINDLCKC		SSSRQYLRYR		YTLDELPTML
HKLKIRAESF		DTWANKVRVA		LEVEDGRKRS		FEELRALESE		ARERRFPNSE
LLQRLKNCLS		EVEACIAQVL		GLVSGQVARM		DTPQLTLTEL		RVLLEQMGSL
PCAMHQIGDV		KDVLEQVEAY		QAEAREALAT		LPSSPGLLRS		LLERGQQLGV
EVPEAHQLQQ		QVEQAQWLDE		VKQALAPSAH		RGSLVIMQGL		LVMGAKIASS
PSVDKARAEL		QELLTIAERW		EEKAHFCLEA		RQKHPPATLE		AIIRETENIP
VHLPNIQALK		EALTKAQAWI		ADVDEIQNGD		HYPCLDDLEG		LVAVGRDLPV
GLEELRQLEL		QVLTAHSWRE		KASKTFLKKN		SCYTLLEVLC		PCADAGSDST
KRSRWMEKAL		GLYQCDTELL		GLSAQDLRDP		GSVIVAFKEG		EQKEKEGILQ
LRRTNSAKPS		PLAPSLMASS		PTSICVCGQV		PAGVGVLQCD		LCQDWFHGQC
VSVPHLLTSP		KPSLTSSPLL		AWWEWDTKFL		CPLCMRSRRP		RLETILALLV
ALQRLPVRLP		EGEALQCLTE		RAIGWQDRAR		KALASEDVTA		LLRQLAELRQ
QLQAKPRPEE		ASVYTSATAC		DPIREGSGNN		ISKVQGLLEN		GDSVTSPENM
APGKGSDLEL		LSSLLPQLTG		PVLELPEAIR		APLEELMMEG		DLLEVTLDEN
HSIWQLLQAG		QPPDLDRIRT		LLELEKFEHQ		GSRTRSRALE		RRRRRQKVDQ
GRNVENLVQQ		ELQSKRARSS		GIMSQVGREE		EHYQEKADRE		NMFLTPSTDH
SPFLKGNQNS		LQHKDSGSSA		ACPSLMPLLQ		LSYSDEQQL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Agulnik A.I., Bishop C.E., Lerner J.L., Agulnik S.I., Solovyev V.V. (1997). Analysis of mutation rates in the SMCY/SMCX genes shows that mammalian evolution is male driven. Mamm. Genome. 8: 134—138. PMID 9060413 DOI:10.1007/s003359900372
• Lee M.G., Norman J., Shilatifard A., Shiekhattar R. (2007). Physical and functional association of a trimethyl H3K4 demethylase and Ring6a/MBLR, a polycomb-like protein. Cell. 128: 877—887. PMID 17320162 DOI:10.1016/j.cell.2007.02.004
• Akimoto C., Kitagawa H., Matsumoto T., Kato S. (2008). Spermatogenesis-specific association of SMCY and MSH5. Genes Cells. 13: 623—633. PMID 18459961 DOI:10.1111/j.1365-2443.2008.01193.x

Див. також

• Хромосома Y