KDM5C

KDM5C
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2JRZ, 5FWJ
Ідентифікатори
Символи	KDM5C, DXS1272E, JARID1C, MRX13, MRXJ, MRXSCJ, MRXSJ, SMCX, XE169, lysine demethylase 5C
Зовнішні ІД	OMIM: 314690 MGI: 99781 HomoloGene: 79498 GeneCards: KDM5C
Пов'язані генетичні захворювання
	syndromic X-linked intellectual disability Claes-Jensen type, X-linked intellectual disability
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • oxidoreductase activity; • dioxygenase activity; • зв'язування з іоном металу; • histone demethylase activity; • zinc ion binding; • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • chromatin binding; • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; • methylated histone binding;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • Нуклеоплазма; • гіалоплазма; • histone methyltransferase complex;
Біологічний процес	• GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • transcription, DNA-templated; • ритмічний процес; • response to toxic substance; • histone H3-K4 demethylation; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; • Ремоделювання хроматину;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	8242
	20591
	ENSG00000126012
	ENSMUSG00000025332
	P41229
	P41230
NM_001146702; NM_001282622; NM_004187; NM_001353978; NM_001353979;
	NM_001353981; NM_001353982; NM_001353984
	NM_013668
NP_001140174; NP_001269551; NP_004178; NP_001340907; NP_001340908;
	NP_001340910; NP_001340911; NP_001340913
NP_038696; NP_001390000; NP_001390001; NP_001390002; NP_001390003;
	NP_001390004; NP_001390005
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

KDM5C (англ. Lysine demethylase 5C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 560 амінокислот, а молекулярна маса — 175 720^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEPGSDDFLP	PPECPVFEPS	WAEFRDPLGY	IAKIRPIAEK	SGICKIRPPA
DWQPPFAVEV	DNFRFTPRIQ	RLNELEAQTR	VKLNYLDQIA	KFWEIQGSSL
KIPNVERRIL	DLYSLSKIVV	EEGGYEAICK	DRRWARVAQR	LNYPPGKNIG
SLLRSHYERI	VYPYEMYQSG	ANLVQCNTRP	FDNEEKDKEY	KPHSIPLRQS
VQPSKFNSYG	RRAKRLQPDP	EPTEEDIEKN	PELKKLQIYG	AGPKMMGLGL
MAKDKTLRKK	DKEGPECPPT	VVVKEELGGD	VKVESTSPKT	FLESKEELSH
SPEPCTKMTM	RLRRNHSNAQ	FIESYVCRMC	SRGDEDDKLL	LCDGCDDNYH
IFCLLPPLPE	IPKGVWRCPK	CVMAECKRPP	EAFGFEQATR	EYTLQSFGEM
ADSFKADYFN	MPVHMVPTEL	VEKEFWRLVN	SIEEDVTVEY	GADIHSKEFG
SGFPVSDSKR	HLTPEEEEYA	TSGWNLNVMP	VLEQSVLCHI	NADISGMKVP
WLYVGMVFSA	FCWHIEDHWS	YSINYLHWGE	PKTWYGVPSL	AAEHLEEVMK
KLTPELFDSQ	PDLLHQLVTL	MNPNTLMSHG	VPVVRTNQCA	GEFVITFPRA
YHSGFNQGYN	FAEAVNFCTA	DWLPAGRQCI	EHYRRLRRYC	VFSHEELICK
MAACPEKLDL	NLAAAVHKEM	FIMVQEERRL	RKALLEKGIT	EAEREAFELL
PDDERQCIKC	KTTCFLSALA	CYDCPDGLVC	LSHINDLCKC	SSSRQYLRYR
YTLDELPAML	HKLKVRAESF	DTWANKVRVA	LEVEDGRKRS	LEELRALESE
ARERRFPNSE	LLQQLKNCLS	EAEACVSRAL	GLVSGQEAGP	HRVAGLQMTL
TELRAFLDQM	NNLPCAMHQI	GDVKGVLEQV	EAYQAEAREA	LASLPSSPGL
LQSLLERGRQ	LGVEVPEAQQ	LQRQVEQARW	LDEVKRTLAP	SARRGTLAVM
RGLLVAGASV	APSPAVDKAQ	AELQELLTIA	ERWEEKAHLC	LEARQKHPPA
TLEAIIREAE	NIPVHLPNIQ	ALKEALAKAR	AWIADVDEIQ	NGDHYPCLDD
LEGLVAVGRD	LPVGLEELRQ	LELQVLTAHS	WREKASKTFL	KKNSCYTLLE
VLCPCADAGS	DSTKRSRWME	KELGLYKSDT	ELLGLSAQDL	RDPGSVIVAF
KEGEQKEKEG	ILQLRRTNSA	KPSPLASSST	ASSTTSICVC	GQVLAGAGAL
QCDLCQDWFH	GRCVSVPRLL	SSPRPNPTSS	PLLAWWEWDT	KFLCPLCMRS
RRPRLETILA	LLVALQRLPV	RLPEGEALQC	LTERAISWQG	RARQALASED
VTALLGRLAE	LRQRLQAEPR	PEEPPNYPAA	PASDPLREGS	GKDMPKVQGL
LENGDSVTSP	EKVAPEEGSG	KRDLELLSSL	LPQLTGPVLE	LPEATRAPLE
ELMMEGDLLE	VTLDENHSIW	QLLQAGQPPD	LERIRTLLEL	EKAERHGSRA
RGRALERRRR	RKVDRGGEGD	DPAREELEPK	RVRSSGPEAE	EVQEEEELEE
ETGGEGPPAP	IPTTGSPSTQ	ENQNGLEPAE	GTTSGPSAPF	STLTPRLHLP
CPQQPPQQQL

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література ред.

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240