KDM5B

KDM5B (англ. Lysine demethylase 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 544 амінокислот, а молекулярна маса — 175 658.

KDM5B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5FUN, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4
Ідентифікатори
Символи	KDM5B, CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, lysine demethylase 5B, MRT65
Зовнішні ІД	OMIM: 605393 MGI: 1922855 HomoloGene: 48448 GeneCards: KDM5B
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • histone demethylase activity • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • sequence-specific double-stranded DNA binding • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • GO:0031493 histone binding • zinc ion binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • methylated histone binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро • гіалоплазма • histone methyltransferase complex Біологічний процес • response to fungicide • positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • branching involved in mammary gland duct morphogenesis • uterus morphogenesis • ритмічний процес • regulation of estradiol secretion • post-embryonic development • cellular response to fibroblast growth factor stimulus • transcription, DNA-templated • single fertilization • mammary duct terminal end bud growth • GO:1901313 positive regulation of gene expression • lens fiber cell differentiation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10765	75605
Ensembl	ENSG00000117139	ENSMUSG00000042207
UniProt	Q9UGL1	Q80Y84
RefSeq (мРНК)	NM_001314042 NM_006618 NM_001347591 NM_001399817	NM_152895
RefSeq (білок)	NP_001300971 NP_001334520 NP_006609	NP_690855
Локус (UCSC)	Хр. 1: 202.72 – 202.81 Mb	Хр. 1: 134.49 – 134.56 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEAATTLHPG		PRPALPLGGP		GPLGEFLPPP		ECPVFEPSWE		EFADPFAFIH
KIRPIAEQTG		ICKVRPPPDW		QPPFACDVDK		LHFTPRIQRL		NELEAQTRVK
LNFLDQIAKY		WELQGSTLKI		PHVERKILDL		FQLNKLVAEE		GGFAVVCKDR
KWTKIATKMG		FAPGKAVGSH		IRGHYERILN		PYNLFLSGDS		LRCLQKPNLT
TDTKDKEYKP		HDIPQRQSVQ		PSETCPPARR		AKRMRAEAMN		IKIEPEETTE
ARTHNLRRRM		GCPTPKCENE		KEMKSSIKQE		PIERKDYIVE		NEKEKPKSRS
KKATNAVDLY		VCLLCGSGND		EDRLLLCDGC		DDSYHTFCLI		PPLHDVPKGD
WRCPKCLAQE		CSKPQEAFGF		EQAARDYTLR		TFGEMADAFK		SDYFNMPVHM
VPTELVEKEF		WRLVSTIEED		VTVEYGADIA		SKEFGSGFPV		RDGKIKLSPE
EEEYLDSGWN		LNNMPVMEQS		VLAHITADIC		GMKLPWLYVG		MCFSSFCWHI
EDHWSYSINY		LHWGEPKTWY		GVPGYAAEQL		ENVMKKLAPE		LFVSQPDLLH
QLVTIMNPNT		LMTHEVPVYR		TNQCAGEFVI		TFPRAYHSGF		NQGFNFAEAV
NFCTVDWLPL		GRQCVEHYRL		LHRYCVFSHD		EMICKMASKA		DVLDVVVAST
VQKDMAIMIE		DEKALRETVR		KLGVIDSERM		DFELLPDDER		QCVKCKTTCF
MSAISCSCKP		GLLVCLHHVK		ELCSCPPYKY		KLRYRYTLDD		LYPMMNALKL
RAESYNEWAL		NVNEALEAKI		NKKKSLVSFK		ALIEESEMKK		FPDNDLLRHL
RLVTQDAEKC		ASVAQQLLNG		KRQTRYRSGG		GKSQNQLTVN		ELRQFVTQLY
ALPCVLSQTP		LLKDLLNRVE		DFQQHSQKLL		SEETPSAAEL		QDLLDVSFEF
DVELPQLAEM		RIRLEQARWL		EEVQQACLDP		SSLTLDDMRR		LIDLGVGLAP
YSAVEKAMAR		LQELLTVSEH		WDDKAKSLLK		ARPRHSLNSL		ATAVKEIEEI
PAYLPNGAAL		KDSVQRARDW		LQDVEGLQAG		GRVPVLDTLI		ELVTRGRSIP
VHLNSLPRLE		TLVAEVQAWK		ECAVNTFLTE		NSPYSLLEVL		CPRCDIGLLG
LKRKQRKLKE		PLPNGKKKST		KLESLSDLER		ALTESKETAS		AMATLGEARL
REMEALQSLR		LANEGKLLSP		LQDVDIKICL		CQKAPAAPMI		QCELCRDAFH
TSCVAVPSIS		QGLRIWLCPH		CRRSEKPPLE		KILPLLASLQ		RIRVRLPEGD
ALRYMIERTV		NWQHRAQQLL		SSGNLKFVQD		RVGSGLLYSR		WQASAGQVSD
TNKVSQPPGT		TSFSLPDDWD		NRTSYLHSPF		STGRSCIPLH		GVSPEVNELL
MEAQLLQVSL		PEIQELYQTL		LAKPSPAQQT		DRSSPVRPSS		EKNDCCRGKR
DGINSLERKL		KRRLEREGLS		SERWERVKKM		RTPKKKKIKL		SHPKDMNNFK
LERERSYELV		RSAETHSLPS		DTSYSEQEDS		EDEDAICPAV		SCLQPEGDEV
DWVQCDGSCN		QWFHQVCVGV		SPEMAEKEDY		ICVRCTVKDA		PSRK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 DOI:10.1101/gad.1523007

Див. також

• Хромосома 1