DDX6

DDX6 (англ. DEAD-box helicase 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 483 амінокислот, а молекулярна маса — 54 417.

DDX6
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1VEC, 2WAX, 2WAY, 4CRW, 4CT4, 4CT5, 5ANR
Ідентифікатори
Символи	DDX6, HLR2, P54, RCK, DEAD-box helicase 6, IDDILF, Rck/p54
Зовнішні ІД	OMIM: 600326 MGI: 104976 HomoloGene: 3238 GeneCards: DDX6
Онтологія гена Молекулярна функція • RNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • protein domain specific binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA binding • cadherin binding Клітинна компонента • цитоплазма • RISC • мембрана • P-body • cytoplasmic stress granule • мітохондрія • sperm annulus • P granule • outer dense fiber • GO:0035328 Гетерохроматин • клітинне ядро • гіалоплазма • ядерце • cytoplasmic ribonucleoprotein granule • chromatoid body • perinuclear region of cytoplasm • concave side of sperm head Біологічний процес • negative regulation of neuron differentiation • stem cell population maintenance • RNA secondary structure unwinding • P-body assembly • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • viral RNA genome packaging • regulation of translation • Сперматогенез • spermatid differentiation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1656	13209
Ensembl	ENSG00000110367	ENSMUSG00000032097
UniProt	P26196	P54823
RefSeq (мРНК)	NM_001257191 NM_004397	NM_001110826 NM_007841 NM_181324 NM_001357702 NM_001357703
RefSeq (білок)	NP_001244120 NP_004388	NP_001104296 NP_031867 NP_851841 NP_001344631 NP_001344632
Локус (UCSC)	Хр. 11: 118.75 – 118.79 Mb	Хр. 9: 44.52 – 44.55 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSTARTENPV		IMGLSSQNGQ		LRGPVKPTGG		PGGGGTQTQQ		QMNQLKNTNT
INNGTQQQAQ		SMTTTIKPGD		DWKKTLKLPP		KDLRIKTSDV		TSTKGNEFED
YCLKRELLMG		IFEMGWEKPS		PIQEESIPIA		LSGRDILARA		KNGTGKSGAY
LIPLLERLDL		KKDNIQAMVI		VPTRELALQV		SQICIQVSKH		MGGAKVMATT
GGTNLRDDIM		RLDDTVHVVI		ATPGRILDLI		KKGVAKVDHV		QMIVLDEADK
LLSQDFVQIM		EDIILTLPKN		RQILLYSATF		PLSVQKFMNS		HLQKPYEINL
MEELTLKGVT		QYYAYVTERQ		KVHCLNTLFS		RLQINQSIIF		CNSSQRVELL
AKKISQLGYS		CFYIHAKMRQ		EHRNRVFHDF		RNGLCRNLVC		TDLFTRGIDI
QAVNVVINFD		FPKLAETYLH		RIGRSGRFGH		LGLAINLITY		DDRFNLKSIE
EQLGTEIKPI		PSNIDKSLYV		AEYHSEPVED		EKP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lu D., Yunis J.J. (1992). Cloning, expression and localization of an RNA helicase gene from a human lymphoid cell line with chromosomal breakpoint 11q23.3. Nucleic Acids Res. 20: 1967—1972. PMID 1579499 DOI:10.1093/nar/20.8.1967
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Fenger-Groen M., Fillman C., Norrild B., Lykke-Andersen J. (2005). Multiple processing body factors and the ARE binding protein TTP activate mRNA decapping. Mol. Cell. 20: 905—915. PMID 16364915 DOI:10.1016/j.molcel.2005.10.031
• Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies. PLoS Pathog. 2: E41—E41. PMID 16699599 DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
• Phalora P.K., Sherer N.M., Wolinsky S.M., Swanson C.M., Malim M.H. (2012). HIV-1 replication and APOBEC3 antiviral activity are not regulated by P bodies. J. Virol. 86: 11712—11724. PMID 22915799 DOI:10.1128/JVI.00595-12

Див. також

• Хромосома 11