DDX5

DDX5 (англ. DEAD-box helicase 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 614 амінокислот, а молекулярна маса — 69 148.

DDX5
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3FE2, 4A4D
Ідентифікатори
Символи	DDX5, G17P1, HLR1, HUMP68, p68, DEAD-box helicase 5
Зовнішні ІД	OMIM: 180630 MGI: 105037 HomoloGene: 6797 GeneCards: DDX5
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • calcium-dependent protein binding • calmodulin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • androgen receptor binding • nucleic acid binding • enzyme binding • pre-mRNA binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA helicase activity • RNA binding • mRNA 3'-UTR binding • ribonucleoprotein complex binding • promoter-specific chromatin binding • MH2 domain binding • SMAD binding • R-SMAD binding • primary miRNA binding • GO:0001104 transcription coregulator activity Клітинна компонента • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • ядерце • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • GO:0005578 Позаклітинна матриця • нуклеоплазма • SMAD protein complex • цитоплазма • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • regulation of skeletal muscle cell differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • regulation of viral genome replication • mRNA processing • mRNA transcription • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cell growth • regulation of osteoblast differentiation • RNA secondary structure unwinding • intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator • Сплайсинг РНК • regulation of androgen receptor signaling pathway • positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator • mRNA splicing, via spliceosome • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • Альтернативний сплайсинг • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • intracellular estrogen receptor signaling pathway • androgen receptor signaling pathway • Епітеліально-мезенхімальний перехід • myoblast differentiation • pri-miRNA transcription by RNA polymerase II • BMP signaling pathway • regulation of pri-miRNA transcription by RNA polymerase II • positive regulation of production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1655	13207
Ensembl	ENSG00000108654	ENSMUSG00000020719
UniProt	P17844	Q61656
RefSeq (мРНК)	NM_004396 NM_001320595 NM_001320596 NM_001320597	NM_007840 NM_001355676 NM_001355677
RefSeq (білок)	NP_001307524 NP_001307525 NP_001307526 NP_004387	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 17: 64.5 – 64.51 Mb	Хр. 11: 106.67 – 106.68 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSGYSSDRDR		GRDRGFGAPR		FGGSRAGPLS		GKKFGNPGEK		LVKKKWNLDE
LPKFEKNFYQ		EHPDLARRTA		QEVETYRRSK		EITVRGHNCP		KPVLNFYEAN
FPANVMDVIA		RQNFTEPTAI		QAQGWPVALS		GLDMVGVAQT		GSGKTLSYLL
PAIVHINHQP		FLERGDGPIC		LVLAPTRELA		QQVQQVAAEY		CRACRLKSTC
IYGGAPKGPQ		IRDLERGVEI		CIATPGRLID		FLECGKTNLR		RTTYLVLDEA
DRMLDMGFEP		QIRKIVDQIR		PDRQTLMWSA		TWPKEVRQLA		EDFLKDYIHI
NIGALELSAN		HNILQIVDVC		HDVEKDEKLI		RLMEEIMSEK		ENKTIVFVET
KRRCDELTRK		MRRDGWPAMG		IHGDKSQQER		DWVLNEFKHG		KAPILIATDV
ASRGLDVEDV		KFVINYDYPN		SSEDYIHRIG		RTARSTKTGT		AYTFFTPNNI
KQVSDLISVL		REANQAINPK		LLQLVEDRGS		GRSRGRGGMK		DDRRDRYSAG
KRGGFNTFRD		RENYDRGYSS		LLKRDFGAKT		QNGVYSAANY		TNGSFGSNFV
SAGIQTSFRT		GNPTGTYQNG		YDSTQQYGSN		VPNMHNGMNQ		QAYAYPATAA
APMIGYPMPT		GYSQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Hloch P., Stahl H. (1990). Complete cDNA sequence of the human p68 protein. Nucleic Acids Res. 18: 3045—3045. PMID 2349099 DOI:10.1093/nar/18.10.3045
• Roessler O.G., Hloch P., Schutz N., Weitzenegger T., Stahl H. (2000). Structure and expression of the human p68 RNA helicase gene. Nucleic Acids Res. 28: 932—939. PMID 10648785 DOI:10.1093/nar/28.4.932
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Ford M.J., Anton I.A., Lane D.P. (1988). Nuclear protein with sequence homology to translation initiation factor eIF-4A. Nature. 332: 736—738. PMID 2451786 DOI:10.1038/332736a0
• Nicol S.M., Causevic M., Prescott A.R., Fuller-Pace F.V. (2000). The nuclear DEAD box RNA helicase p68 interacts with the nucleolar protein fibrillarin and colocalizes specifically in nascent nucleoli during telophase. Exp. Cell Res. 257: 272—280. PMID 10837141 DOI:10.1006/excr.2000.4886
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Див. також

• Хромосома 17