CRNKL1

CRNKL1 (англ. Crooked neck pre-mRNA splicing factor 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 848 амінокислот, а молекулярна маса — 100 452.

CRNKL1
Ідентифікатори
Символи	CRNKL1, CLF, CRN, Clf1, HCRN, MSTP021, SYF3, crooked neck pre-mRNA splicing factor 1
Зовнішні ІД	OMIM: 610952 MGI: 1914127 HomoloGene: 6462 GeneCards: CRNKL1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • клітинне ядро • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • нуклеоплазма • Prp19 complex • prespliceosome • precatalytic spliceosome • catalytic step 1 spliceosome • post-mRNA release spliceosomal complex • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • spliceosomal complex assembly • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • Сплайсинг РНК • mRNA splicing, via spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51340	66877
Ensembl	ENSG00000101343	ENSMUSG00000001767
UniProt	Q9BZJ0	P63154
RefSeq (мРНК)	NM_016652 NM_001278625 NM_001278626 NM_001278627 NM_001278628	NM_025820
RefSeq (білок)	NP_001265554 NP_001265555 NP_001265556 NP_001265557 NP_057736	NP_080096
Локус (UCSC)	Хр. 20: 20.03 – 20.06 Mb	Хр. 2: 145.76 – 145.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTATVENLTF		QKDTLGNAVD		KNTSRLELRS		YSLAGRHGST		EPLVLAWSSQ
FRRLTWGCAL		DALHRSPCVA		ASQHGVTHLI		RSSRTPHSTR		CRKEDAQPGH
HGNGAASVTA		QARGQRSVLQ		VPLPVPRSCL		FSESFVVSVS		SQSRFLASVP
GTGVQRSTAA		DMAASTAAGK		QRIPKVAKVK		NKAPAEVQIT		AEQLLREAKE
RELELLPPPP		QQKITDEEEL		NDYKLRKRKT		FEDNIRKNRT		VISNWIKYAQ
WEESLKEIQR		ARSIYERALD		VDYRNITLWL		KYAEMEMKNR		QVNHARNIWD
RAITTLPRVN		QFWYKYTYME		EMLGNVAGAR		QVFERWMEWQ		PEEQAWHSYI
NFELRYKEVD		RARTIYERFV		LVHPDVKNWI		KYARFEEKHA		YFAHARKVYE
RAVEFFGDEH		MDEHLYVAFA		KFEENQKEFE		RVRVIYKYAL		DRISKQDAQE
LFKNYTIFEK		KFGDRRGIED		IIVSKRRFQY		EEEVKANPHN		YDAWFDYLRL
VESDAEAEAV		REVYERAIAN		VPPIQEKRHW		KRYIYLWINY		ALYEELEAKD
PERTRQVYQA		SLELIPHKKF		TFAKMWILYA		QFEIRQKNLS		LARRALGTSI
GKCPKNKLFK		VYIELELQLR		EFDRCRKLYE		KFLEFGPENC		TSWIKFAELE
TILGDIDRAR		AIYELAISQP		RLDMPEVLWK		SYIDFEIEQE		ETERTRNLYR
RLLQRTQHVK		VWISFAQFEL		SSGKEGSLTK		CRQIYEEANK		TMRNCEEKEE
RLMLLESWRS		FEEEFGTASD		KERVDKLMPE		KVKKRRKVQT		DDGSDAGWEE
YFDYIFPEDA		ANQPNLKLLA		MAKLWKKQQQ		EKEDAEHHPD		EDVDESES

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lai C.-H., Chiu J.-Y., Lin W.-C. (2001). Identification of the human crooked neck gene by comparative gene identification. Biochim. Biophys. Acta. 1517: 449—454. PMID 11342225 DOI:10.1016/S0167-4781(00)00295-5
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Hatakeyama S., Matsumoto M., Yada M., Nakayama K.I. (2004). Interaction of U-box-type ubiquitin-protein ligases (E3s) with molecular chaperones. Genes Cells. 9: 533—548. PMID 15189447 DOI:10.1111/j.1356-9597.2004.00742.x
• Hillman R.T., Green R.E., Brenner S.E. (2004). An unappreciated role for RNA surveillance. Genome Biol. 5: R8.1—R8.16. PMID 14759258 DOI:10.1186/gb-2004-5-2-r8

Див. також

• Хромосома 20