COL20A1

COL20A1 (англ. Collagen type XX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на довгому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 284 амінокислот, а молекулярна маса — 135 830.

COL20A1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2DKM, 2EE3, 2EKJ, 5KF4
Ідентифікатори
Символи	COL20A1, bA261N11.4, collagen type XX alpha 1, collagen type XX alpha 1 chain
Зовнішні ІД	MGI: 1920618 HomoloGene: 75138 GeneCards: COL20A1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • calcium ion binding • mannose binding Клітинна компонента • GO:0005578 Позаклітинна матриця • extracellular region • колаген • endoplasmic reticulum lumen • міжклітинний простір • collagen-containing extracellular matrix Біологічний процес • complement activation, lectin pathway • growth plate cartilage chondrocyte morphogenesis Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	57642	73368
Ensembl	ENSG00000101203	ENSMUSG00000016356
UniProt	Q9P218	Q923P0
RefSeq (мРНК)	NM_020882	NM_028518
RefSeq (білок)	NP_065933	NP_082794
Локус (UCSC)	Хр. 20: 63.29 – 63.33 Mb	Хр. 2: 180.63 – 180.66 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSSGDPAHLG		LCLWLWLGAT		LGREQVQASG		LLRLAVLPED		RLQMKWRESE
GSGLGYLVQV		KPMAGDSEQE		VILTTKTPKA		TVGGLSPSKG		YTLQIFELTG
SGRFLLARRE		FVIEDLKSSS		LDRSSQRPLG		SGAPEPTPSH		TGSPDPEQAS
EPQVAFTPSQ		DPRTPAGPQF		RCLPPVPADM		VFLVDGSWSI		GHSHFQQVKD
FLASVIAPFE		IGPDKVQVGL		TQYSGDAQTE		WDLNSLSTKE		QVLAAVRRLR
YKGGNTFTGL		ALTHVLGQNL		QPAAGLRPEA		AKVVILVTDG		KSQDDVHTAA
RVLKDLGVNV		FAVGVKNADE		AELRLLASPP		RDITVHSVLD		FLQLGALAGL
LSRLICQRLQ		GGSPRQGPAA		APALDTLPAP		TSLVLSQVTS		SSIRLSWTPA
PRHPLKYLIV		WRASRGGTPR		EVVVEGPAAS		TELHNLASRT		EYLVSVFPIY
EGGVGEGLRG		LVTTAPLPPP		RALTLAAVTP		RTVHLTWQPS		AGATHYLVRC
SPASPKGEEE		EREVQVGRPE		VLLDGLEPGR		DYEVSVQSLR		GPEGSEARGI
RARTPTLAPP		RHLGFSDVSH		DAARVFWEGA		PRPVRLVRVT		YVSSEGGHSG
QTEAPGNATS		ATLGPLSSST		TYTVRVTCLY		PGGGSSTLTG		RVTTKKAPSP
SQLSMTELPG		DAVQLAWVAA		APSGVLVYQI		TWTPLGEGKA		HEISVPGNLG
TAVLPGLGRH		TEYDVTILAY		YRDGARSDPV		SLRYTPSTVS		RSPPSNLALA
SETPDSLQVS		WTPPLGRVLH		YWLTYAPASG		LGPEKSVSVP		GARSHVTLPD
LQAATKYRVL		VSAIYAAGRS		EAVSATGQTA		CPALRPDGSL		PGFDLMVAFS
LVEKAYASIR		GVAMEPSAFG		GTPTFTLFKD		AQLTRRVSDV		YPAPLPPEHT
IVFLVRLLPE		TPREAFALWQ		MTAEDFQPLL		GVLLDAGKKS		LTYFHRDPRA
ALQEATFDPQ		EVRKIFFGSF		HKVHVAVGRS		KVRLYVDCRK		VAERPLGEMG
SPPAAGFVTL		GRLAKARGPR		SSSAAFQLQM		LQIVCSDTWA		DEDRCCELPA
SRDGETCPAF		VSACSCSSET		PGPPGPQGPP		GLPGRNGTPG		EQGFPGPRGP
PGVKGEKGDH		GLPGLQGHPG		HQGIPGRVGL		QGPKGMRGLE		GTAGLPGPPG
PRGFQGMAGA		RGTSGERGPP		GTVGPTGLPG		PKGERGEKGE		PQSLATLYQL
VSQASHVSKF		DSFHENTRPP		MPILEQKLEP		GTEPLGSPGT		RSKALVPGEW
GRGGRHLEGR		GEPGAVGQMG		SPGQQGASTQ		GLWE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Секретований назовні.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143

Див. також

• Хромосома 20