ARID1A

ARID1A (англ. AT-rich interaction domain 1A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 285 амінокислот, а молекулярна маса — 242 045.

ARID1A
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1RYU
Ідентифікатори
Символи	ARID1A, B120, BAF250, BAF250a, BM029, C1orf4, ELD, MRD14, OSA1, P270, SMARCF1, hELD, hOSA1, CSS2, AT-rich interaction domain 1A
Зовнішні ІД	OMIM: 603024 MGI: 1935147 HomoloGene: 21216 GeneCards: ARID1A
Пов'язані генетичні захворювання
Coffin-Siris syndrome 2, liver carcinoma
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nuclear receptor binding • nucleosome binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Клітинна компонента • nBAF complex • SWI/SNF complex • Нуклеоплазма • npBAF complex • клітинне ядро • SWI/SNF superfamily-type complex • brahma complex Біологічний процес • androgen receptor signaling pathway • Ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cardiac muscle cell differentiation • optic cup formation involved in camera-type eye development • placenta blood vessel development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • toxin transport • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • cardiac chamber development • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • neural tube closure • nucleosome disassembly • forebrain development • intracellular estrogen receptor signaling pathway • glucocorticoid receptor signaling pathway • formation of primary germ layer • гаструляція • embryo implantation • stem cell population maintenance Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8289	93760
Ensembl	ENSG00000117713	ENSMUSG00000007880
UniProt	O14497	A2BH40
RefSeq (мРНК)	NM_139135 NM_006015 NM_018450	NM_001080819 NM_001363070
RefSeq (білок)	NP_006006 NP_624361	NP_001074288 NP_001349999 NP_001388200 NP_001388202 NP_001388204 NP_001388205
Локус (UCSC)	Хр. 1: 26.69 – 26.78 Mb	Хр. 4: 133.68 – 133.76 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAAQVAPAAA		SSLGNPPPPP		PSELKKAEQQ		QREEAGGEAA		AAAAAERGEM
KAAAGQESEG		PAVGPPQPLG		KELQDGAESN		GGGGGGGAGS		GGGPGAEPDL
KNSNGNAGPR		PALNNNLTEP		PGGGGGGSSD		GVGAPPHSAA		AALPPPAYGF
GQPYGRSPSA		VAAAAAAVFH		QQHGGQQSPG		LAALQSGGGG		GLEPYAGPQQ
NSHDHGFPNH		QYNSYYPNRS		AYPPPAPAYA		LSSPRGGTPG		SGAAAAAGSK
PPPSSSASAS		SSSSSFAQQR		FGAMGGGGPS		AAGGGTPQPT		ATPTLNQLLT
SPSSARGYQG		YPGGDYSGGP		QDGGAGKGPA		DMASQCWGAA		AAAAAAAAAS
GGAQQRSHHA		PMSPGSSGGG		GQPLARTPQP		SSPMDQMGKM		RPQPYGGTNP
YSQQQGPPSG		PQQGHGYPGQ		PYGSQTPQRY		PMTMQGRAQS		AMGGLSYTQQ
IPPYGQQGPS		GYGQQGQTPY		YNQQSPHPQQ		QQPPYSQQPP		SQTPHAQPSY
QQQPQSQPPQ		LQSSQPPYSQ		QPSQPPHQQS		PAPYPSQQST		TQQHPQSQPP
YSQPQAQSPY		QQQQPQQPAP		STLSQQAAYP		QPQSQQSQQT		AYSQQRFPPP
QELSQDSFGS		QASSAPSMTS		SKGGQEDMNL		SLQSRPSSLP		DLSGSIDDLP
MGTEGALSPG		VSTSGISSSQ		GEQSNPAQSP		FSPHTSPHLP		GIRGPSPSPV
GSPASVAQSR		SGPLSPAAVP		GNQMPPRPPS		GQSDSIMHPS		MNQSSIAQDR
GYMQRNPQMP		QYSSPQPGSA		LSPRQPSGGQ		IHTGMGSYQQ		NSMGSYGPQG
GQYGPQGGYP		RQPNYNALPN		ANYPSAGMAG		GINPMGAGGQ		MHGQPGIPPY
GTLPPGRMSH		ASMGNRPYGP		NMANMPPQVG		SGMCPPPGGM		NRKTQETAVA
MHVAANSIQN		RPPGYPNMNQ		GGMMGTGPPY		GQGINSMAGM		INPQGPPYSM
GGTMANNSAG		MAASPEMMGL		GDVKLTPATK		MNNKADGTPK		TESKSKKSSS
STTTNEKITK		LYELGGEPER		KMWVDRYLAF		TEEKAMGMTN		LPAVGRKPLD
LYRLYVSVKE		IGGLTQVNKN		KKWRELATNL		NVGTSSSAAS		SLKKQYIQCL
YAFECKIERG		EDPPPDIFAA		ADSKKSQPKI		QPPSPAGSGS		MQGPQTPQST
SSSMAEGGDL		KPPTPASTPH		SQIPPLPGMS		RSNSVGIQDA		FNDGSDSTFQ
KRNSMTPNPG		YQPSMNTSDM		MGRMSYEPNK		DPYGSMRKAP		GSDPFMSSGQ
GPNGGMGDPY		SRAAGPGLGN		VAMGPRQHYP		YGGPYDRVRT		EPGIGPEGNM
STGAPQPNLM		PSNPDSGMYS		PSRYPPQQQQ		QQQQRHDSYG		NQFSTQGTPS
GSPFPSQQTT		MYQQQQQNYK		RPMDGTYGPP		AKRHEGEMYS		VPYSTGQGQP
QQQQLPPAQP		QPASQQQAAQ		PSPQQDVYNQ		YGNAYPATAT		AATERRPAGG
PQNQFPFQFG		RDRVSAPPGT		NAQQNMPPQM		MGGPIQASAE		VAQQGTMWQG
RNDMTYNYAN		RQSTGSAPQG		PAYHGVNRTD		EMLHTDQRAN		HEGSWPSHGT
RQPPYGPSAP		VPPMTRPPPS		NYQPPPSMQN		HIPQVSSPAP		LPRPMENRTS
PSKSPFLHSG		MKMQKAGPPV		PASHIAPAPV		QPPMIRRDIT		FPPGSVEATQ
PVLKQRRRLT		MKDIGTPEAW		RVMMSLKSGL		LAESTWALDT		INILLYDDNS
IMTFNLSQLP		GLLELLVEYF		RRCLIEIFGI		LKEYEVGDPG		QRTLLDPGRF
SKVSSPAPME		GGEEEEELLG		PKLEEEEEEE		VVENDEEIAF		SGKDKPASEN
SEEKLISKFD		KLPVKIVQKN		DPFVVDCSDK		LGRVQEFDSG		LLHWRIGGGD
TTEHIQTHFE		SKTELLPSRP		HAPCPPAPRK		HVTTAEGTPG		TTDQEGPPPD
GPPEKRITAT		MDDMLSTRSS		TLTEDGAKSS		EAIKESSKFP		FGISPAQSHR
NIKILEDEPH		SKDETPLCTL		LDWQDSLAKR		CVCVSNTIRS		LSFVPGNDFE
MSKHPGLLLI		LGKLILLHHK		HPERKQAPLT		YEKEEEQDQG		VSCNKVEWWW
DCLEMLRENT		LVTLANISGQ		LDLSPYPESI		CLPVLDGLLH		WAVCPSAEAQ
DPFSTLGPNA		VLSPQRLVLE		TLSKLSIQDN		NVDLILATPP		FSRLEKLYST
MVRFLSDRKN		PVCREMAVVL		LANLAQGDSL		AARAIAVQKG		SIGNLLGFLE
DSLAATQFQQ		SQASLLHMQN		PPFEPTSVDM		MRRAARALLA		LAKVDENHSE
FTLYESRLLD		ISVSPLMNSL		VSQVICDVLF		LIGQS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Takeuchi T., Chen B.-K., Qiu Y., Sonobe H., Ohtsuki Y. (1997). Molecular cloning and expression of a novel human cDNA containing CAG repeats. Gene. 204: 71—77. PMID 9434167 DOI:10.1016/S0378-1119(97)00525-8
• Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. (2001). Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription. Nature. 414: 924—928. PMID 11780067 DOI:10.1038/414924a
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Martens J.A., Winston F. (2003). Recent advances in understanding chromatin remodeling by SWI/SNF complexes. Curr. Opin. Genet. Dev. 13: 136—142. PMID 12672490 DOI:10.1016/S0959-437X(03)00022-4
• Kim S., Zhang Z., Upchurch S., Isern N., Chen Y. (2004). Structure and DNA-binding sites of the SWI1 AT-rich interaction domain (ARID) suggest determinants for sequence-specific DNA recognition. J. Biol. Chem. 279: 16670—16676. PMID 14722072 DOI:10.1074/jbc.M312115200
• Hurlstone A.F., Olave I.A., Barker N., van Noort M., Clevers H. (2002). Cloning and characterization of hELD/OSA1, a novel BRG1 interacting protein. Biochem. J. 364: 255—264. PMID 11988099

Див. також

• Хромосома 1