A1CF

A1CF (англ. APOBEC1 complementation factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 594 амінокислот, а молекулярна маса — 65 202.

A1CF
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2CPD
Ідентифікатори
Символи	A1CF, ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, APOBEC1 complementation factor
Зовнішні ІД	OMIM: 618199 MGI: 1917115 HomoloGene: 16363 GeneCards: A1CF
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleic acid binding • double-stranded RNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • single-stranded RNA binding • RNA binding • mRNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex • ендоплазматичний ретикулум • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • mRNA processing • protein stabilization • cytidine to uridine editing • mRNA modification • mRNA localization resulting in posttranscriptional regulation of gene expression Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	29974	69865
Ensembl	ENSG00000148584	ENSMUSG00000052595
UniProt	Q9NQ94	Q5YD48
RefSeq (мРНК)	NM_001198818 NM_001198819 NM_001198820 NM_014576 NM_138932 NM_138933 NM_001370130 NM_001370131	NM_001081074 NM_001365078
RefSeq (білок)	NP_001185747 NP_001185748 NP_001185749 NP_055391 NP_620310 NP_620311 NP_001357059 NP_001357060	NP_001074543 NP_001352007
Локус (UCSC)	Хр. 10: 50.8 – 50.89 Mb	Хр. 19: 31.85 – 31.93 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MESNHKSGDG		LSGTQKEAAL		RALVQRTGYS		LVQENGQRKY		GGPPPGWDAA
PPERGCEIFI		GKLPRDLFED		ELIPLCEKIG		KIYEMRMMMD		FNGNNRGYAF
VTFSNKVEAK		NAIKQLNNYE		IRNGRLLGVC		ASVDNCRLFV		GGIPKTKKRE
EILSEMKKVT		EGVVDVIVYP		SAADKTKNRG		FAFVEYESHR		AAAMARRKLL
PGRIQLWGHG		IAVDWAEPEV		EVDEDTMSSV		KILYVRNLML		STSEEMIEKE
FNNIKPGAVE		RVKKIRDYAF		VHFSNREDAV		EAMKALNGKV		LDGSPIEVTL
AKPVDKDSYV		RYTRGTGGRG		TMLQGEYTYS		LGQVYDPTTT		YLGAPVFYAP
QTYAAIPSLH		FPATKGHLSN		RAIIRAPSVR		EIYMNVPVGA		AGVRGLGGRG
YLAYTGLGRG		YQVKGDKRED		KLYDILPGME		LTPMNPVTLK		PQGIKLAPQI
LEEICQKNNW		GQPVYQLHSA		IGQDQRQLFL		YKITIPALAS		QNPAIHPFTP
PKLSAFVDEA		KTYAAEYTLQ		TLGIPTDGGD		GTMATAAAAA		TAFPGYAVPN
ATAPVSAAQL		KQAVTLGQDL		AAYTTYEVYP		TFAVTARGDG		YGTF

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, ендоплазматичному ретикулумі.

Цей білок бере участь у редагуванні РНК шляхом дезамінування цитидину разом з білком APOBEC1. Комплекс редагує вже зрілі мРНК в ядрі. Він розпізнає ділянку РНК у 30-40 нуклеотидів, яка утворює шпильку, причому цільовий цитозин міститься в «голівці» (неспареній ділянці) цієї шпильки. Білок ACF виконує адапторну функцію, забезпечуючи контакт дезамінази з РНК. Комплекс розпізнає послідовність UUUN(A/U)U, яка має міститися далі за сайтом редагування та перетинається з якірною послідовністю, до якої приєднується молекула ACF. Від ступеня збігу цієї ділянки різних РНК з послідовністю мРНК ApoB залежить ефективність редагування конкретного цитидину.

Література

• Mehta A., Kinter M.T., Sherman N.E., Driscoll D.M. (2000). Molecular cloning of APOBEC-1 complementation factor, a novel RNA-binding protein involved in the editing of apolipoprotein B mRNA. Mol. Cell. Biol. 20: 1846—1854. PMID 10669759 DOI:10.1128/MCB.20.5.1846-1854.2000
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Henderson J.O., Blanc V., Davidson N.O. (2001). Isolation, characterization and developmental regulation of the human apobec-1 complementation factor (ACF) gene. Biochim. Biophys. Acta. 1522: 22—30. PMID 11718896 DOI:10.1016/S0167-4781(01)00295-0
• Mehta A., Driscoll D.M. (2002). Identification of domains in apobec-1 complementation factor required for RNA binding and apolipoprotein-B mRNA editing. RNA. 8: 69—82. PMID 11871661 DOI:10.1017/S1355838202015649
• Blanc V., Kennedy S., Davidson N.O. (2003). A novel nuclear localization signal in the auxiliary domain of apobec-1 complementation factor regulates nucleocytoplasmic import and shuttling. J. Biol. Chem. 278: 41198—41204. PMID 12896982 DOI:10.1074/jbc.M302951200

Див. також

• Хромосома 10