1962 року, після об'єднання міст Крустпілс та Єкабпілс, отримала сучасну назву. Свого часу і в місті Єкабпілс була залізнична станція, яку будували як вузькоколійну.
16 листопада1936 року відкритий для руху новий залізничний міст через річку Даугава, через який була прокладена залізниця широкої колії і побудована сполучна гілка між станціями Круспілс (лат.Krustpils) та Єкабпілс (лат.Jēkabpils).
Станція Крустпілс була першою експериментальною на Прибалтійській залізниці, яка була обладна апаратурою ПОНАБ.
У 2016 році на станції зведені високі перони, які є першими та єдиними перонами на станціях Латвії, де зупинялися пасажирські поїзди міжнародного сполучення.