ДНК-маркер

ДНК-маркер або молекулярно-генетичні маркери, маркер генетичний — поліморфна ознака, що виявляються методами молекулярної біології на рівні нуклеотидної послідовності ДНК, для певного гену або для будь-якої іншої ділянки хромосоми при порівнянні різних генотипів, особин, порід, сортів, ліній.

Мал.1 електрофорез ПЛР продуктів в агарозному гелі й забарвлених бромистим етидієм, отриманих методом IRAP ампліфікації. Ліва доріжка — ДНК відомої довжини (від 900 до 3000 пар нуклеотидів)

Мал 2. Стратегії молекулярних маркерів на основі ПЛР ретротранспозонів. A — Sequence Specific Amplification Polymorphism (SSAP), геномна ДНК після рестрикції із допомогою PstI і MseI лігуєтся з адапторами до даних рестрикційних сайтів з подальшою ПЛР із праймерами з LTR і адаптора; B — Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP), ПЛР між інвертованими праймерами (праймером) з LTR ретротранспозона; C — REtrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism (REMAP), ПЛР між праймером із LTR ретротранспозони праймером із простого мікросателітного повтору (наприклад, 5’-CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA G); D — Retrotransposon-Based Insertion Polymorphisms (RBIP), мультилокусна ПЛР з використанням праймерів фланкуючих ретротранспозицію та праймера з LTR ретротранспозони.

Наука накопичила великий масив даних про ефективність використання молекулярно-генетичних маркерів, як на рівні білків, так і ДНК, РНК, для вирішення багатьох завдань генетики, селекції, збереження біорізноманіття, вивчення механізмів еволюції, картування хромосом, а також для насінництва і племінної справи.

Найбільш широко використовувані молекулярно-генетичні маркери умовно можна поділити на такі типи —

• маркери ділянок структурних генів, що кодують амінокислотні послідовності білків (електрофоретичні варіанти білків),
• маркери некодуючих ділянок структурних генів і
• маркери різних послідовностей ДНК, ставлення яких до структурних генів, як правило, невідомо — розподіл коротких повторів за геномом (RAPD — випадково ампліфікуєма поліморфна ДНК; ISSR — інвертовані повтори; AFLP — поліморфізм у сайтах рестрикції) і мікросателітні локуси (тандемні повтори із довжиною елементарної одиниці в 2-6 нуклеотиди).

Є цілий набір сучасних технологій виявлення поліморфізму на рівні ДНК, серед яких можна виділити наступні:

• аналіз поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів ДНК (RFLP);
• аналіз поліморфізму за допомогою полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) та інші методи на основі ампліфікації ДНК між повторюваними послідовностями в геномній ДНК.

Джерела

• Арефьев В. А., Лисовенко Л. А., «Англо-русский толковый словарь генетических терминов», г. Москва: изд. ВНИРО, 1995 г. (рос.)

Посилання

• Генетический маркер [Архівовано 5 березня 2016 у Wayback Machine.], сайт «Академик» (рос.)
• ДНК-маркер [Архівовано 11 серпня 2015 у Wayback Machine.] (рос.)
• Молекулярно-генетические маркеры^{[недоступне посилання з липня 2019]} (рос.)
• Маркеры ДНК [Архівовано 17 грудня 2015 у Wayback Machine.] (рос.)
• DNA маркеры [Архівовано 4 березня 2016 у Wayback Machine.] (рос.)
• ДНК-маркеры и их применение в генетике, селекции и растениеводстве кукурузы [Архівовано 6 квітня 2015 у Wayback Machine.] (рос.)
• Молекулярные маркеры — инструмент исследования генетического разнообразия [Архівовано 29 січня 2016 у Wayback Machine.], Современное состояние управления генетическими ресурсами животных — Часть «В», С.359-380 (рос.)
• Хлесткина Е. К., Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции [Архівовано 11 березня 2016 у Wayback Machine.], ВавилоВский журнал генетики и селекции, 2013 г. — Т.17, No4/2, С.1044-1054 (рос.)
• Мухина Ж. М., Дубина Е. В., Молекулярные маркеры и их использование в селекционно-генетических исследованиях [Архівовано 27 жовтня 2016 у Wayback Machine.], журнал «Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета», Вып. № 66, 2011 г. (рос.)