Транскриптом
Транскриптом — сукупність продуктів транскрипції клітини, організму чи їх груп, тобто молекул РНК. Часто під поняттям транскриптом мають на увазі лише сукупність матричних РНК[1], в інших випадках до них додають короткі та довгі некодуючі РНК.
Клітини постійно мають транскриптом, оскільки без РНК більшість функцій клітини неможлива. Фактично, транскрипція підтримує транскриптом, а не створює його наново[2].
Термін «транскриптом» уперше був використаний у другій половині 1990-х років для позначення сукупності мРНК дріжджів та окремих органів людини, як наприклад мозку[3].
Розмір транскриптому оцінюється по-різному. Так ранні оцінки розміру транскриптому людини давали транскрипцію приблизно 5 % всієї ДНК[4]. Подібні результати показав аналіз транскриптому миші 2002 року, де було виявлено трохи більше 60 тисяч різних РНК[5]. Натомість пізніші проєкти ENCODE та FANTOM прийшли до висновків, що транскрибується значно більша частина ДНК — до 80 % усього геному[6][7]. Хоча висновки ENCODE і піддавалися сумнівам[8], загалом дослідники прийняли ідею, що до транскриптому входять РНК, синтезовані на матриці більшості наявних ДНК[5].
Примітки
ред.- ↑ transcriptome definition. Nature Scitable(англ.)
- ↑ Brown TA. Genomes. 2nd edition. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Chapter 3, Transcriptomes and Proteomes(англ.)
- ↑ Lowe, R., Shirley, N., Bleackley, M., Dolan, S., & Shafee, T. (2017). Transcriptomics technologies. PLoS computational biology, 13(5), e1005457. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005457
- ↑ Adams, J. (2008) Transcriptome: connecting the genome to gene function. Nature Education 1(1):195(англ.)
- ↑ а б de Hoon, M., Shin, J. W., & Carninci, P. (2015). Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects. Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society, 26(9-10), 391—402. https://doi.org/10.1007/s00335-015-9593-8
- ↑ Pertea M. (2012). The human transcriptome: an unfinished story. Genes, 3(3), 344–360. https://doi.org/10.3390/genes3030344
- ↑ Park, E. G., Ha, H., Lee, D. H., Kim, W. R., Lee, Y. J., Bae, W. H., & Kim, H. S. (2022). Genomic Analyses of Non-Coding RNAs Overlapping Transposable Elements and Its Implication to Human Diseases. International journal of molecular sciences, 23(16), 8950. https://doi.org/10.3390/ijms23168950
- ↑ Guttinger, Stephan and John Dupré, «Genomics and Postgenomics», The Stanford Encyclopedia of Philosophy (Winter 2016 Edition), Edward N. Zalta (ed.)(англ.)
Література
ред.- Venket Raghavan, Louis Kraft, Fantin Mesny, Linda Rigerte, A simple guide to de novo transcriptome assembly and annotation, Briefings in Bioinformatics, Volume 23, Issue 2, March 2022, bbab563, https://doi.org/10.1093/bib/bbab563