Корабель був відкритий в жовтні 1900 року, коли команда нирцівпірнальників за губками під керівництвом капитана Дімітріоса Кондоса вирішила чекати на острові Антикітера закінчення бурі, що заважала їм рухатися додому. Щоб зайняти час, вони почали нирятиупірнати біля острова, користуючись [[водолазний костюм|водолазними костюмами]].
Першим побачив судно, що знаходилося на глибині 60 м, Еліас Стадіатос, що просигналів про це на поверхню. Він описав вкритий водоростями корабель, як «купу гниючих трупів» на дні. Побоюючись можливості отруєння Еліаса вуглекислим газом та галюціонацій, керівник експедиції Кондос сам опустився на дно, і скоро піднявся з рукою бронзової статуї. До залишення острова, водолази дістали з корабля багато невеликих предметів.
Далі роботи з подняття предметів були проведені нирцямипірнальниками за губками разом з грецьким міністерством освіти і військово-морськими силами країни. До 1902 року, окрім численних невеликих предметів, були підняті статуї «голови філософа», хлопчика, кидальщика диску, «Ефеба Антикітерського» (виробництва близько 340 року до н. е., зараз у [[Національний археологічний музей (Афіни)|Національному археологічному музеї]] в Афінах), [[Геракл]]а, мармурового бика і бронзову ліру. Найвідоміша знахідка була зроблена 17 травня 1902 року, коли археолог Валеріос Стайс знайшов [[Антикітерський механізм]]. цей механізм довго вважався найстарішим механічним [[годинник]]ом, але скоріше за все є найстарішим [[Аналогова ЕОМ|аналоговим комп'ютером]].
