[[Файл:Mateo Kovacic.jpg|thumb|left|190px|Ковачич у складі «[[Інтернаціонале|Інтера]]»]]
Матео народився в родині [[Боснія і Герцеговина|боснійських]] [[хорвати|хорватів]].<ref>{{cite web|url=http://www.jutarnji.hr/mateo-kovacic-kao-maradona--modric--pele---/905740/|title=Mateo Kovačić kao Maradona, Modrić, Pele... — Jutarnji.hr|accessdate=2013-04-15|archiveurl=httphttps://www.webcitation.org/6FzDjYhwn?url=http://www.jutarnji.hr/mateo-kovacic-kao-maradona--modric--pele---/905740/|archivedate=2013-04-19|deadurl=no}}</ref><ref>{{cite web|url=http://intermilano.ru/news/25952-tresh-merkato-kovachich-oficialno-laksalt-v-processe.html|title=Трэш-меркато: Ковачич — официально, Лаксальт — в процессе» Интермилано.ру|accessdate=2013-04-15|archiveurl=httphttps://www.webcitation.org/6FzDlVA6E?url=http://intermilano.ru/news/25952-tresh-merkato-kovachich-oficialno-laksalt-v-processe.html|archivedate=2013-04-19|deadurl=no}}</ref> Його батьки переїхали в [[Австрія|Австрію]] 1991 року, де і з'явився на світ Ковачич. Свою кар'єру він почав у [[Лінц|місцевому]] «[[ЛАСК (футбольний клуб)|ЛАСКу]]»<ref name="transfers">{{cite web|url=http://www.transfermarkt.de/en/mateo-kova%C4%8Dic/transfers/spieler_51471.html|title=Mateo Kovačić — Player changes, player transfers|publisher=Transfermarkt|accessdate=20 November 2010|archiveurl=httphttps://www.webcitation.org/6DGqsOUdl?url=http://www.transfermarkt.de/en/mateo-kova%C4%8Dic/transfers/spieler_51471.html|archivedate=2012-12-29|deadurl=yes}}</ref><ref name="zidak"/>. У віці 13-ти років талановитого півзахисника помітили скаути «[[Аякс (Амстердам)|Аякса]]», «[[Штутгарт (футбольний клуб)|Штуттгарта]]», «[[Баварія (Мюнхен)|Баварії]]» і «[[Ювентус]]а», але його родина вирішила переїхати в Загреб, де Матео поступив в футбольну академію [[Загреб|місцевого]] «[[Динамо (Загреб)|Динамо]]»<ref name="zidak">{{cite news|url=http://www.jutarnji.hr/mateo-kovacic-kao-maradona--modric--pele---/905740/|title=Meteor Kovačić: Svi su ludi za dječakom koji je već sa 13 igrao zrelo kao nekad Maradona|last=Židak|first=Tomislav|work=[[Jutarnji list]]|language=Croatian|accessdate=22 November 2010}}</ref>.
Виступаючи за молодіжну команду клубу, 2009 року Ковачич отримує перелом ноги, відновлення після якого тривало майже рік. [[31 травня]] [[2010]] року в матчі проти молодіжної команди «[[Спліт (футбольний клуб)|Спліта]]» півзахисник уперше після травми вийшов на поле<ref name="kadeti">{{cite news|url=http://www.hrsport.net/vijesti/398143/nogomet-1-hnl/kadeti-dinama-za-naslov-prestigli-hajduk|title=Kadeti Dinama za naslov prestigli Hajduk|last=Rupnik|first=Borna|date=31 May 2010|work=[[Sportnet.hr]]|language=Croatian|accessdate=22 November 2010}}</ref>.
