Народився 10 (22) січня 1898 року в родині [[інженер]]а та [[архітектор]]а, з 1917 року [[дійсний статський радник|дійсного статського радника]] Михайла Осиповича Ейзенштейна (1867—1921) і Юлії Іванівни Ейзенштейн (в дівоцтві Конецька). Михайло Ейзенштейн одружився ще в Петербурзі. Його обраницею стала Юлія Іванівна Конецька, дочка заможного пітерського купця, мініатюрна і приваблива жінка. Ділова сторона життя чиновника -— благополучна, а вдома -— бурхливі скандали<ref>[http://www.freecity.lv/zhzl/2389/Згадуючи дитинство, Ейзенштейн пише в своїх споминах: «З кимось татко стрілявся, з кимось до стрілянини не доходило. В якийсь день матінка, як зараз пам'ятаю, в чудовій картатій, шовковій, червоній із зеленим, блузці істерично бігла через квартиру з тим, щоб кинутися в проліт сходів. Пам'ятаю, як її, що билася в істериці, татко ніс назад. Про «процеси» (мається на увазі розлучення) не знаю нічого. Обривками чув, що якісь свідчення давав кур'єр Озолс, щось наче «показувала» кухарка Соломія. Потім була серія днів, коли мене з ранку забирали гуляти по місту на весь день. Потім заплакана матінка зі мною прощалася. Потім матінка поїхала. Потім відвезли обстановку (обстановка була приданим матінки). Кімнати стали неосяжно великими і зовсім порожніми. Я сприймав це навіть якось позитивно. Я став спати і висипатися».]</ref>. У 1909 році батьки розлучаються, і хлопчик залишається з батьком.
Їхній спільний син, Сергій отримав добре виховання, з дитинства вивчав три іноземні мови. По закінченню початкових класів батько спрямував сина до Ризького реального училища, в якому він також успішно опановував науки та мови.
