Довжина тіла — до 17 см, розмах крил — 27-31 см, вага — 28-40 г, тривалість життя — 7 років. Птах розміром з горобця. Самці і самки дуже відрізняються за забарвленням. Дорослий самець майже повністю яскраво-червоний. З віком забарвлення самця стає насиченішим. Задня частина черева і підхвістя сірі. На бурих покривних перах крил червоний відтінок. Махові і стернові пера бурі. Ноги темно-бурі. Самка сірувато-зелена, на спині помірна темна строкатість, поперек і надхвістя жовтувато-зелені. Молодий птах сірувато-білий, з густою темною строкатістю. Шишкар має велику голову, чіпкі лапи, що дозволяють йому підвішуватись на шишках вниз головою, і глибоко вирізаний хвіст. Птах легко визначається за незвичним дзьобом (як у соснового шишкаря, але не таким товстим і менш загнутим) — він хрестоподібний, верхня щелепа перехрещується з нижньою. Цікаво, що пташенята з'являються на світ з нормальним дзьобом, як у більшості птахів.
