Ascalaph Designer

Немає перевірених версій цієї сторінки; ймовірно, її ще не перевіряли на відповідність правилам проекту.

Ascalaph Designer — програма молекулярного моделювання загального призначення. Вона дає графічний інтерфейс для консольних програм квантової і класичної механіки Firefly, CP2K s MDynaMix^[1] ^[2], має можливості для конструювання молекулярних моделей, інформаційної оптимізації та молекулярної динаміки. Firefly/PC GAMESS^[3]^[4]^[5] пропонує низку квантовохімічних методів.

Основні можливості

Побудова молекулярної моделі (полімери, наноструктури, білки, нуклеїнові кислоти)
Силові поля AMBER/OPLS
Оптимізація конформації
Молекулярна динаміка
Квантова хімія
Гнучка SPC модель води^[6]

Область застосування

Нуклеїнові кислоти ^[7]
Білки
Моделювання ліпідних мембран^[8]
Поліелектроліти^[9]
Іонні рідини^[10]^[11]
Термодинамічні властивості рідин^[12]
Розробка молекулярно-механічних силових полів^[13]

Примітки

↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures. Computer Physics Communications. 128: 565—589.
↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems. Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems. Lecture Notes in Computer Science. Т. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. с. 296—303. doi:10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
↑ Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS
↑ M.W. Schmidt та ін. (1993). General Atomic and Molecular Electronic Structure System. J. Comput. Chem. 14: 1347—1363. doi:10.1002/jcc.540141112. {{cite journal}}: Явне використання «та ін.» у: |author= (довідка)
↑ M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
↑ Toukan K and Rahman A (1985). Molecular-dynamics study of atomic motions in water. Physical Review B. 31: 2643—2648.
↑ Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld (2006). Similarities and differences in interaction of K⁺ and Na⁺ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study. Nucleic Acids Research. 34: 686—696.
↑ C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev (2008). Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer. Journal of Computational Chemistry. 29: 2359—2369.
↑ A. Vishnyakov and A.V. Neimark (2008). Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study. J. Chem. Phys. 128: 164902.
↑ G. Raabe and J. Köhler (2008). Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation. J. Chem. Phys. 128: 154509.
↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang (2005). Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF₄] and acetonitrile by a refined force field. Phys. Chem. Chem. Phys. 7: 2771—2779.
↑ T. Kuznetsova and B. Kvamme (2002). Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system. Phys. Chem. Chem. Phys. 4: 937—941.
↑ A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev (2007). A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture. J. Comp. Chem. 28: 2020—2026.

Посилання

Домашня сторінка [Архівовано 24 лютого 2010 у Wayback Machine.]

[1] A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures. Computer Physics Communications. 128: 565—589.

[2] A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems. Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems. Lecture Notes in Computer Science. Т. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. с. 296—303. doi:10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.

[3] Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS

[4] M.W. Schmidt та ін. (1993). General Atomic and Molecular Electronic Structure System. J. Comput. Chem. 14: 1347—1363. doi:10.1002/jcc.540141112. {{cite journal}}: Явне використання «та ін.» у: |author= (довідка)

[5] M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.

[6] Toukan K and Rahman A (1985). Molecular-dynamics study of atomic motions in water. Physical Review B. 31: 2643—2648.

[7] Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld (2006). Similarities and differences in interaction of K⁺ and Na⁺ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study. Nucleic Acids Research. 34: 686—696.

[8] C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev (2008). Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer. Journal of Computational Chemistry. 29: 2359—2369.

[9] A. Vishnyakov and A.V. Neimark (2008). Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study. J. Chem. Phys. 128: 164902.

[10] G. Raabe and J. Köhler (2008). Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation. J. Chem. Phys. 128: 154509.

[11] X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang (2005). Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF₄] and acetonitrile by a refined force field. Phys. Chem. Chem. Phys. 7: 2771—2779.

[12] T. Kuznetsova and B. Kvamme (2002). Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system. Phys. Chem. Chem. Phys. 4: 937—941.

[13] A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev (2007). A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture. J. Comp. Chem. 28: 2020—2026.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]