Дрібний за розмірами вид [[нічниці|нічниць]]. Довжина тіла — 49—5549-55 мм, маса — 6,5—145-—14,5 г. Довжина [[передпліччя]] — 3,5—45-4 см, вуха — 1,3—23-2 см, розмах крил — 23—2723-27 см. Загальна довжина [[череп]]а — 1,4 см, довжина верхнього ряду зубів — 5,3—53-5,5 мм. Другий верхній передкорінний зуб удвічі менший за перший.
Від інших видів нічниць відрізняється тим, що край крилової перетинки прикріпляється до середини або основної третини [[плесно|плесна]] задньої лапи (між [[гомілковостопний суглоб|гомілковостопним суглобом]] і пальцями). [[епіблема кажанів|Епіблеми]] немає. Крила — широкі, тупі. Шкірний виступ біля основи вуха, що прикриває слуховий отвір (козелок), довгий, рівномірно звужений до кінця і загострений.
Колір [[хутро|хутра]] на спині бурий, з відтінками від сіруватого і сріблястийсріблясто-палевого до шоколадного, контрастує з майже білим або світло-сірим черевом. Кінчики волосся помітно світліші за основу. Хутро дуже густе, рівне, довге. Літальна перетинка і вуха — бурі. Відомі відхилення в забарвленні — ([[меланізм]], [[альбінізм]], пегість)<ref>[http://nature-mordovia.ru/index.php?option=com_content&task=view&id=632&Itemid= Нічниця водяна]// Про нічницю на сайті «Природа Республіки Мордовія»: ''nature-mordovia.ru''</ref>.
Від [[нічниця вусата|вусатої]] і [[нічниця звичайна|звичайної нічниці]] відрізняється також більшою довжиною тіла.
