Філогенетичне дерево: відмінності між версіями

[[ЗображенняФайл:Phylogenetic_tree.svg|thumb|340px|Теоретичне вкорінене дерево генів [[рРНК]].]] [[ЗображенняФайл:MyosinUnrootedTree.jpg|thumb|340px|Невкорінене дерево [[міозин]]ового суперсімейства генів<ref>Hodge, T. & M. J. T. V. Cope. 2000. A Myosin Family Tree. Journal of Cell Science 113: 3353-3354. See also the Myosin external link below.</ref>.]]

Невкорінене дерево не містить кореня і відображає зв'язок листя без передбачуваного положення загального предка. Необхідність розглядати невкорінені дерева виникає через те, що часто зв'язки між вузлами відновити легше, ніж напрямок еволюції. На другому малюнку показано невкорінене філогетичне дерево<ref>Maher, B. A. 2002. Uprooting the Tree of Life. The Scientist 16: 18 (Sep. 16, 2002); [http://www.the-scientist.com/yr2002/sep/research1_020916.html subscription only]</ref>. Найбільш достовірнимНайдостовірнішим методом для перетворення невкоріненого дерева на вкорінене (для цього треба або оголосити коренем один з вузлів, або розбити одну з гілок дві, що виходять з кореня) є використання достовірної «зовнішньої групи» видів&nbsp;— достатньо близьких до набору видів, що цікавить нас, але в той же час явний є окремою групою. В інших випадках положення кореня можна встановити, виходячи з додаткових припущень про швидкість еволюції досліджуваних об'єктів.

Як вкорінене, так і невкорінене філогенетичні дерева можуть бути біфуркаційними або мультіфуркаційнимимультифуркаційними, а також маркованими або немаркованими. У біфуркаційному дереві до кожного вузла підходять рівно три гілки (у разі вкоріненого дерева&nbsp;— одна вхідна гілка і дві виходні). Таким чином біфуркаційне дерево припускає, що всі еволюційні події полягали в походженні від предкового об'єктуєкта рівно двох нащадків. До вузла мультіфуркаційногомультифуркаційного дерева можуть підходити чотири ій більшбільше гілок. Марковане дерево містить назви листків, тоді як немарковане просто відображає топологію.