Ще небезпечнішою була помилка в конструкції керувальних стрижнівстержнів. Для керування потужністю ядерної реакції в активну зону вводяться стрижністержні, що містять речовину, що поглинає [[нейтрон]]и. Коли стриженьстержень виведений з активної зони, в каналі залишається [[вода]], яка теж поглинає нейтрони. Для того, щоб усунути негативний вплив цієї води, в РБМК під стрижнямистержнями були розташовані витискувачі з [[графіт]]у. Але при повністю піднятому стрижністержні під витискувачем залишався стовп води висотою 1,5 метра. (Скорочений на 1,5 метра витискувач використовувався з економічних причин — він робив можливим зменшити висоту підреакторного приміщення.)
При русі стрижнястержня з верхнього положення, у верхню частину зони входить поглинач і вносить негативну [[реактивність]], а в нижній частині каналу графітовий витискувач заміщає воду і вносить позитивну реактивність. У момент аварії нейтронне поле мало провал в середині активної зони і два максимуми — у верхній і нижній її частині. При такому розподілі поля, сумарна реактивність, що вноситься стрижнямистержнями, протягом перших трьох секунд руху була позитивною. Це так званий «[[Кінцевий ефект]]», унаслідок якого спрацьовування аварійного захисту в перші секунди збільшувало потужність, замість того щоб одразу зупинити реактор.
