Основну будівлю музею було зруйновано при проведенні [[Тартуська операція|Тартуської операції]] під час [[Друга світова війна|Другої світової війни.]] У 2005 році Міністерство культури Естонії та Союз естонських архітекторів оголосили разом з музеєм конкурс на створення нової будівлі Естонського національного музею<ref>{{cite news|first=|last=|authorlink=|coauthors=|title=Нова будівля Естонського національного музею|url=http://www.archicool.com/cgi-bin/presse/pg-newspro.cgi?id_news=749|work=|publisher=|date=2005-07-24|accessdate=2010-06-20|archiveurl=https://web.archive.org/web/20090717045650/http://www.archicool.com/cgi-bin/presse/pg-newspro.cgi?id_news=749|archivedate=2009-07-17|deadurl=yes}} {{ref-en}}</ref>. Переміг проект міжнародної асоціації архітекторів з роботою молодих архітекторів Р.Лусе і Т.Тухала ''Поле пам'яті''<ref>{{cite news |first= |last= |authorlink= |coauthors= |title=Міжнародна асоціація пропонує формулу виграшу |url=http://www.worldarchitecturenews.com/index.php?fuseaction=wanappln.projectview&upload_id=227 |work= |publisher= |date=27 Jan 2006 |accessdate=2010-06-20 }} {{ref-en}}</ref>. Його будівництво розпочалося у 2009 році. У 2011 році нова будівля відкрила свої двері для відвідувачів.
