Гра починається 1 січня 1999 року з того, що гравець вибирає розташування для своєї першої бази. Після цього він має перед собою на екраніотримує карту світу, на якій показані бази і літаки X-COM, [[НЛО]], чужі бази тощо. У цій частині гри можна керувати своїми літаками в реальному часі: призначати для них цілі [[Патруль|патрулювання]] або ж намагатись перехопити виявлені [[НЛО]]. Все це відбувається в реальному часі. При переході на екран бази плин ігрового часу зупиняється і у гравця з'являється можливість керувати багатьма аспектами діяльності організації: тут можна закуповувати нове [[устаткування]], [[літак]]илітаки, [[зброя|зброю]] та [[боєприпаси]] для них, наймати [[Воїн|вояків]], купувати [[стрілецька зброя|стрілецьку зброю]], [[набої]] тощо. МожнаДається змога будувати нові бази або розширювати вже наявні, додаючи до них нові будівлі, як то додаткові [[радар]]ирадари, житлові приміщення для [[персонал]]уперсоналу, [[ангар]]иангари для [[літак]]івлітаків, [[Склад (будівля)|склади]] або захисні споруди. Також на базах розміщуються зайняті роботою на організацію [[науковець|науковці]] та [[інженер]]иінженери. Науковці можуть досліджувати нові [[технологія|технології]] та здобутідобуті предмети чужопланетного походження або [[полон]]енихполонених чужопланетян. Інженери на основі цих знань та використовуючи досліджені чужопланетні технології виготовляють нові недоступні іншим чином речівиди зброї та обладнання.
Коли [[десант]]нийдесантний літак X-COM дістається місця, куди впало пошкоджене [[винищувач]]амивинищувачами НЛО, або просто місця приземлення НЛО, гра переходить до [[тактика|тактичної]] частини. Тут гравець командує діями [[загін|загону]][[солдат]]івсолдатів проти чужих сил. [[Поле бою]] представлено на [[екран]]іекрані в [[ізометрична проекція|ізометричній проекції]], гра відбувається покроково. В ході битви можуть бути захоплені різноманітні предмети чужопланетного походження, якими на базі займуться науковці та які можуть таким чином стати джерелом для нових відкриттів.
