Перший в історії НКІ був створений ФиллипомФіліпом Кеннеді і його колегами з використанням електродів, імплантованих в кору головного мозку мавп. У 1999 році дослідники під керівництвом Яна Дена з Університету Каліфорнії розшифрували сигнали нейронів зорової системи [[Кіт свійський|кішки]] і використовували ці дані для відтворення зображень, що сприймалися піддослідними тваринами. У цих експериментах були використані електроди, вживлені в [[таламус]] (структура [[середній мозок|середнього мозку]]. За їх допомогою було досліджено 177 клітин в [[латеральне колінчасте тіло|латеральному колінчастому тілі]] в таламусі і розшифровані сигнали, що приходять від сітківки. Кішкам демонстрували вісім коротких фільмів, протягом яких проводили запис активності нейронів. Використовуючи математичні фільтри, дослідники розшифрували сигнали для відтворення образів, які бачили кішки і були здатні відтворити впізнавані сцени і об'єкти, що рухаються. Схожі результати на людині були отримані дослідниками з Японії.
Для підвищення ефективності управління НКІ Мігель Ніколесіс запропонував реєструвати електричну активність одночасно за допомогою декількох електродів, імплантованих в віддалені області головного мозку. Під час перших досліджень на щурах, які в дев'яностих роках проводили Ніколеліс і його колеги, почалися аналогічні експерименти на мавпах. В результаті був створений НКІ, за допомогою якого сигнали нервових клітин мавп були розшифровані і використані для управління рухами робота.
