В серпні 1929 року заарештований у сфальшованій справі [[Спілка визволення України|Спілки визволення України]], отримуєдістав 5 років таборів суворого режиму та 2 роки заслання до [[Татарстан]]у. Одна з причин арешту — активне листування з віце-президентом ВУАН [[Єфремов Сергій Олександрович|Сергієм Єфремовим]] (про Отамановського той неодноразово згадує в своїх «Щоденниках»). Судова справа В. Д. Отамановського містить його детальні відповіді на масу безглуздих та провокаційних питань — про участь у змовах, спрямованих на повалення існуючого ладу, про наміри збудувати пам'ятник [[Петлюра Симон Васильович|Петлюрі]], його «контрреволюційне» перебування у Відні.<ref>Контрреволюціонери «СВУ» перед радянським судом // Червоний край (Вінниця). — 1930. — 4 квітня;</ref> Його безпідставно звинувачували в організації вінницького відділу СВУ, хоча жодного члена цієї організації у Вінниці не виявлено. Офіційний захисник Ідалевич спростував всі обвинувачення по суті, але роль адвоката була лише формальною, до уваги його доводи не бралися.<ref>САВЦОВ В. Злочин, якого не було: (Вкл. уривок заяви В. Отамановського до ДПУ під час ув'язнення) // Рад. Україна. — 1989. — 12, ІЗ, 16, 19, 26, 27 верес.</ref>
Після звільнення йому було заборонено виїжджати з [[Казань|Казані]]. Викладав іноземні мови у медичних вишах Казані, [[Ташкент]]а, [[Краснодар]]а, [[Саратов]]а.
== Професор історії ==
1945 року він здавсклав екстерном іспити у Краснодарському педагогічному інституті і отримавздобув ще один диплом — історика, що формально вимагався для допуску до захисту кандидатської дисертації. У 1946 році в [[Московський державний університет імені Ломоносова|Московському університеті]] він успішно захищає кандидатську [[Дисертація|дисертацію]]: «Вінниця як тип українського міста Південного Правобережжя XIV–XVIII ст. Еволюція правового стану на тлі соціально-економічного розвитку Побужжя XIII–XVII ст. і процесу утворення станів. Історико-юридичне дослідження». А через 10 років у Санкт-Петербурзькому університеті захищає докторську дисертацію на тему: «„Города Правобережной Украины под владычеством шляхетской Польши от середины XVII до конца XVIII в. в. Проблема возникновения и развития украинского феодального города“». З 1958 року професор Отамановський жив і працював у [[Харків|Харкові]], викладав [[Латинська мова|латину]] в [[Харківський національний медичний університет|медичному інституті]].<ref>КАРОЄВА Л. P. В. Д. Отамановський //Тези доп. десятої Вінниц. обл. іст.-краєзн. конф. — Вінниця, 1991. — С. 84-85.</ref> Помер 10 березня 1964 року. Посмертно [[Реабілітація жертв політичних репресій в СРСР|реабілітований]] 11 серпня 1989 року.
