Історія клубу починається у [[1999]] році. Генеральний директор СТОВ (Сільськогосподарське товариства з обмеженою відповідальністю) «Кримтеплиця» Олександр Модестович Васильєв, який захоплювався футболом коли був ще молодим, і до тепер є гарячим прихильником цієї гри, прийняв рішення про створення футбольної команди, яка стала б візитною карткою не тільки підприємства, але й передмістя Сімферополя — селищ Аграрне і Молодіжне.
Клуб назвали іменем генерального спонсора: так зародився Футбольний Клуб «Кримтеплиця». В [[2000]] і [[2001]] роках команда під керівництвом Олександра Шудрика стала 2 разовим чемпіоном Україны серед сільских команд, а в [[2001]] році — бронзовим призером першості Криму.
Сила клубу росла, у гравців було вже більше професійного досвіду зустрічей на високому рівні — у [[2002]] році команда стала Чемпіоном Криму, а в зимовому меморіалі пам'яті В. Юрковського — почесним фіналістом турніру. Причому команда була тоді любительським колективом!
Президент клуба Олександр Васильєв приймає рішення: клуб починає свою нову історію і у [[2003]] році команда ФК «Кримтеплиця» подала заявку на участь у другій лізі Чемпіонату України в групі «Б». Літо [[2003]] року стало дебютним для команди на професійному рівні футболу. Тренерський штаб очолює Олег Лутков. Результати дебюту вразили багатьох: в сезоні 2003/04 команда завоювала бронзу у 13 Чемпіонаті України по футболу серед клубів другої ліги. Тоді команда була у прекрасній формі і вже у наступному чемпіонаті 2004/05 року «Кримтеплиця» не здавала лідируючих позицій, встановивши своєрідний рекорд — 34 (!) безпрограшні матчі. У підсумку команда достроково забезпечила собі путівку в першу лігу.
Починаючи з сезону 2005/06 року клуб виступає в першій лізі.
