Перший раз був обраний на з'їзд народних депутатів [[СРСР]] у [[1990]] р. Обирався від партії [[Яблоко (партія)|Яблоко]] до [[Державна Дума РосіїРосійської Федерації|Державної Думи Росії]]. Був членом депутатської комісії по боротьбі з [[корупція|корупцією]]. Виступав з критикою політики уряду в Чечні, при рятуванні моряків [[Курськ (підводний човен)|півдводного човна «Курск».]] Підтримував звинувачення [[ФСБ]] в організації вибухів в Росії, для мобілізації громадської думки для війни в Чечні. Також вимагав від секретних служб пояснень про використання анеститичного газу під час [[Трагедія Норд-Осту|трагедії Норд-Осту]]. Одним з останніх розслідувань було з'ясування, яку роль відігравало ФСБ в відмиванні грошей через [[Банк Нью-Йорку]]. Саме напередодні зустрічі з американськими слідчими по цій справі Щекочихин раптом захворів.
