Відкрита мова синтетичної біології

Відкрита мова синтетичної біології[1] або ВМСБ (англ. Synthetic Biology Open Language; SBOL) — запропонований стандарт даних для обміну дизайнами у синтетичній біології між пакетами програмних засобів[2]. Вона розробляється Групою розробників ВМСБ (англ. SBOL Developers Group)[3] з 2008 року. Ця група націлена на розробку стандарту таким, щоб він був відкритим та демократичним для того, щоб охопити якомога більше інтересів та уникнути домінування однієї компанії. Група також прагне розвивати та вдосконалювати стандарт дизайну з часом, оскільки галузь синтетичної біології відображає цей розвиток.

Графічна мова моделювання, яка називається SBOL visual, також була створена для візуалізації дизайнів ВМСБ[4].

Стандартні візуальні символи відкритої мови синтетичної біології (ВМСБ): промотор (англ. promoter), сайт зв'язування з праймером (англ. primer binding site), кодувальна область (англ. cds), сайт рестрикції (англ. restriction site) тощо.

ВипускиРедагувати

Версія Дата
1.0 Листопад 2011 року
1.1 Жовтень 2012 року
2.0 Липень 2015 року
2.1.0 Жовтень 2016 року[5]

ПосиланняРедагувати

  1. The Synthetic Biology Open Language (SBOL). Архів оригіналу за 14 лютого 2021. Процитовано 5 лютого 2021. 
  2. Galdzicki, Michal; Clancy, Kevin P; Oberortner, Ernst; Pocock, Matthew; Quinn, Jacqueline Y; Rodriguez, Cesar A; Roehner, Nicholas; Wilson, Mandy L; Adam, Laura; Anderson, J Christopher; Bartley, Bryan A; Beal, Jacob; Chandran, Deepak; Chen, Joanna; Densmore, Douglas; Endy, Drew; Grünberg, Raik; Hallinan, Jennifer; Hillson, Nathan J; Johnson, Jeffrey D; Kuchinsky, Allan; Lux, Matthew; Misirli, Goksel; Peccoud, Jean; Plahar, Hector A; Sirin, Evren; Stan, Guy-Bart; Villalobos, Alan; Wipat, Anil; Gennari, John H; Myers, Chris J; Sauro, Herbert M (6 червня 2014). The Synthetic Biology Open Language (SBOL) provides a community standard for communicating designs in synthetic biology. Nature Biotechnology 32 (6): 545–550. PMID 24911500. doi:10.1038/nbt.2891. 
  3. Архівована копія. Архів оригіналу за 5 вересня 2020. Процитовано 5 лютого 2021. 
  4. Quinn, Jacqueline Y.; Cox, Robert Sidney; Adler, Aaron; Beal, Jacob; Bhatia, Swapnil; Cai, Yizhi; Chen, Joanna; Clancy, Kevin; Galdzicki, Michal; Hillson, Nathan J.; Le Novère, Nicolas; Maheshwari, Akshay J.; McLaughlin, James Alastair; Myers, Chris J.; P, Umesh; Pocock, Matthew; Rodriguez, Cesar; Soldatova, Larisa; Stan, Guy-Bart V.; Swainston, Neil; Wipat, Anil; Sauro, Herbert M. (3 грудня 2015). SBOL Visual: A Graphical Language for Genetic Designs. PLOS Biology 13 (12): e1002310. PMC 4669170. PMID 26633141. doi:10.1371/journal.pbio.1002310. 
  5. Beal, Jacob; Cox, Robert Sidney; Grünberg, Raik; McLaughlin, James; Nguyen, Tramy; Bartley, Bryan; Bissell, Michael; Choi, Kiri; Clancy, Kevin; MacKlin, Chris; Madsen, Curtis; Misirli, Goksel; Oberortner, Ernst; Pocock, Matthew; Roehner, Nicholas; Samineni, Meher; Zhang, Michael; Zhang, Zhen; Zundel, Zach; Gennari, John H.; Myers, Chris; Sauro, Herbert; Wipat, Anil (2016). Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.1.0. Journal of Integrative Bioinformatics 13 (3): 291. PMID 28187407. doi:10.1515/jib-2016-291.