KDM4D

KDM4D (англ. Lysine demethylase 4D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 523 амінокислот, а молекулярна маса — 58 603.

KDM4D
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3DXT, 3DXU, 4D6Q, 4D6R, 4D6S, 4HON, 4HOO, 5FP9, 5F5A, 5FP8, 5FPA, 5FPB, 5FP4, 5F5C
Ідентифікатори
Символи	KDM4D, JMJD2D, lysine demethylase 4D
Зовнішні ІД	OMIM: 609766 MGI: 3606484 HomoloGene: 69244 GeneCards: KDM4D
Онтологія гена Молекулярна функція • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • damaged DNA binding • chromatin DNA binding • methylated histone binding Клітинна компонента • blood microparticle • клітинне ядро • Нуклеоплазма • site of double-strand break • pericentric heterochromatin • histone methyltransferase complex Біологічний процес • regulation of protein phosphorylation • cellular response to ionizing radiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of chromatin binding • double-strand break repair via homologous recombination • transcription, DNA-templated • positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining • histone H3-K9 demethylation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • cellular response to DNA damage stimulus • negative regulation of histone H3-K9 trimethylation • Ремоделювання хроматину Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55693	244694
Ensembl	ENSG00000186280	ENSMUSG00000053914
UniProt	Q6B0I6	Q3U2K5
RefSeq (мРНК)	NM_018039	NM_173433
RefSeq (білок)	NP_060509	NP_775609
Локус (UCSC)	Хр. 11: 94.97 – 95 Mb	Хр. 9: 14.37 – 14.41 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
METMKSKANC		AQNPNCNIMI		FHPTKEEFND		FDKYIAYMES		QGAHRAGLAK
IIPPKEWKAR		ETYDNISEIL		IATPLQQVAS		GRAGVFTQYH		KKKKAMTVGE
YRHLANSKKY		QTPPHQNFED		LERKYWKNRI		YNSPIYGADI		SGSLFDENTK
QWNLGHLGTI		QDLLEKECGV		VIEGVNTPYL		YFGMWKTTFA		WHTEDMDLYS
INYLHLGEPK		TWYVVPPEHG		QRLERLAREL		FPGSSRGCGA		FLRHKVALIS
PTVLKENGIP		FNRITQEAGE		FMVTFPYGYH		AGFNHGFNCA		EAINFATPRW
IDYGKMASQC		SCGEARVTFS		MDAFVRILQP		ERYDLWKRGQ		DRAVVDHMEP
RVPASQELST		QKEVQLPRRA		ALGLRQLPSH		WARHSPWPMA		ARSGTRCHTL
VCSSLPRRSA		VSGTATQPRA		AAVHSSKKPS		STPSSTPGPS		AQIIHPSNGR
RGRGRPPQKL		RAQELTLQTP		AKRPLLAGTT		CTASGPEPEP		LPEDGALMDK
PVPLSPGLQH		PVKASGCSWA		PVP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Katoh M., Katoh M. (2004). Identification and characterization of JMJD2 family genes in silico. Int. J. Oncol. 24: 1623—1628. PMID 15138608

Див. також

• Хромосома 11