EXOSC6

EXOSC6 (англ. Exosome component 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 272 амінокислот, а молекулярна маса — 28 235.

EXOSC6
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2NN6
Ідентифікатори
Символи	EXOSC6, EAP4, MTR3, Mtr3p, hMtr3p, p11, Exosome component 6
Зовнішні ІД	OMIM: 606490 MGI: 1919794 HomoloGene: 12469 GeneCards: EXOSC6
Онтологія гена Молекулярна функція • exoribonuclease activity • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • Екзосома • nuclear exosome (RNase complex) • cytoplasmic exosome (RNase complex) • ядерце • клітинне ядро • Нуклеоплазма Біологічний процес • regulation of mRNA stability • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5' • rRNA 3'-end processing • rRNA catabolic process • DNA deamination • GO:0071049, GO:0071048, GO:0071033 nuclear mRNA surveillance • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • U4 snRNA 3'-end processing • polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing • rRNA processing • positive regulation of isotype switching • Перемикання класу імуноглобулінів • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	118460	72544
Ensembl	ENSG00000223496	ENSMUSG00000109941
UniProt	Q5RKV6	Q8BTW3
RefSeq (мРНК)	NM_058219	NM_028274
RefSeq (білок)	NP_478126	NP_082550
Локус (UCSC)	Хр. 16: 70.25 – 70.25 Mb	Хр. 8: 111.78 – 111.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MPGDHRRIRG		PEESQPPQLY		AADEEEAPGT		RDPTRLRPVY		ARAGLLSQAK
GSAYLEAGGT		KVLCAVSGPR		QAEGGERGGG		PAGAGGEAPA		ALRGRLLCDF
RRAPFAGRRR		RAPPGGCEER		ELALALQEAL		EPAVRLGRYP		RAQLEVSALL
LEDGGSALAA		ALTAAALALA		DAGVEMYDLV		VGCGLSLAPG		PAPTWLLDPT
RLEEERAAAG		LTVALMPVLN		QVAGLLGSGE		GGLTESWAEA		VRLGLEGCQR
LYPVLQQSLV		RAARRRGAAA		QP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі, як процесмнг рРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, екзосомі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Raijmakers R., Vree Egberts W., van Venrooij W.J., Pruijn G.J.M. (2002). Protein-protein interactions between human exosome components support the assembly of RNase PH-type subunits into a six-membered PNPase-like ring. J. Mol. Biol. 323: 653—663. PMID 12419256 DOI:10.1016/S0022-2836(02)00947-6
• Lehner B., Sanderson C.M. (2004). A protein interaction framework for human mRNA degradation. Genome Res. 14: 1315—1323. PMID 15231747 DOI:10.1101/gr.2122004
• Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2006). Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome. Cell. 127: 1223—1237. PMID 17174896 DOI:10.1016/j.cell.2006.10.037
• Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2007). Cell. 131: 188—189. {{cite journal}}: Пропущений або порожній |title= (довідка)

Див. також

• Хромосома 16