COL9A1

COL9A1 (англ. Collagen type IX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 921 амінокислот, а молекулярна маса — 91 869.

COL9A1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2UUR
Ідентифікатори
Символи	COL9A1, DJ149L1.1.2, EDM6, MED, STL4, collagen type IX alpha 1, collagen type IX alpha 1 chain
Зовнішні ІД	OMIM: 120210 MGI: 88465 HomoloGene: 1393 GeneCards: COL9A1
Онтологія гена Молекулярна функція • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength • зв'язування з іоном металу • extracellular matrix structural constituent Клітинна компонента • collagen type IX trimer • extracellular region • Колаген • endoplasmic reticulum lumen • міжклітинний простір • GO:0005578 Позаклітинна матриця • collagen-containing extracellular matrix Біологічний процес • animal organ morphogenesis • extracellular matrix organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1297	12839
Ensembl	ENSG00000112280	ENSMUSG00000026147
UniProt	P20849	Q05722
RefSeq (мРНК)	NM_001851 NM_078485 NM_001377289 NM_001377290 NM_001377291	NM_001290691 NM_007740
RefSeq (білок)	NP_001842 NP_511040 NP_001364218 NP_001364219 NP_001364220	NP_001277620 NP_031766
Локус (UCSC)	Хр. 6: 70.22 – 70.3 Mb	Хр. 1: 24.22 – 24.29 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKTCWKIPVF		FFVCSFLEPW		ASAAVKRRPR		FPVNSNSNGG		NELCPKIRIG
QDDLPGFDLI		SQFQVDKAAS		RRAIQRVVGS		ATLQVAYKLG		NNVDFRIPTR
NLYPSGLPEE		YSFLTTFRMT		GSTLKKNWNI		WQIQDSSGKE		QVGIKINGQT
QSVVFSYKGL		DGSLQTAAFS		NLSSLFDSQW		HKIMIGVERS		SATLFVDCNR
IESLPIKPRG		PIDIDGFAVL		GKLADNPQVS		VPFELQWMLI		HCDPLRPRRE
TCHELPARIT		PSQTTDERGP		PGEQGPPGPP		GPPGVPGIDG		IDGDRGPKGP
PGPPGPAGEP		GKPGAPGKPG		TPGADGLTGP		DGSPGSIGSK		GQKGEPGVPG
SRGFPGRGIP		GPPGPPGTAG		LPGELGRVGP		VGDPGRRGPP		GPPGPPGPRG
TIGFHDGDPL		CPNACPPGRS		GYPGLPGMRG		HKGAKGEIGE		PGRQGHKGEE
GDQGELGEVG		AQGPPGAQGL		RGITGIVGDK		GEKGARGLDG		EPGPQGLPGA
PGDQGQRGPP		GEAGPKGDRG		AEGARGIPGL		PGPKGDTGLP		GVDGRDGIPG
MPGTKGEPGK		PGPPGDAGLQ		GLPGVPGIPG		AKGVAGEKGS		TGAPGKPGQM
GNSGKPGQQG		PPGEVGPRGP		QGLPGSRGEL		GPVGSPGLPG		KLGSLGSPGL
PGLPGPPGLP		GMKGDRGVVG		EPGPKGEQGA		SGEEGEAGER		GELGDIGLPG
PKGSAGNPGE		PGLRGPEGSR		GLPGVEGPRG		PPGPRGVQGE		QGATGLPGVQ
GPPGRAPTDQ		HIKQVCMRVI		QEHFAEMAAS		LKRPDSGATG		LPGRPGPPGP
PGPPGENGFP		GQMGIRGLPG		IKGPPGALGL		RGPKGDLGEK		GERGPPGRGP
NGLPGAIGLP		GDPGPASYGR		NGRDGERGPP		GVAGIPGVPG		PPGPPGLPGF
CEPASCTMQA		GQRAFNKGPD		P

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

• Muragaki Y., Kimura T., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The complete primary structure of two distinct forms of human alpha 1 (IX) collagen chains. Eur. J. Biochem. 192: 703—708. PMID 2209617 DOI:10.1111/j.1432-1033.1990.tb19279.x
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Diab M., Wu J.J., Eyre D.R. (1996). Collagen type IX from human cartilage: a structural profile of intermolecular cross-linking sites. Biochem. J. 314: 327—332. PMID 8660302 DOI:10.1042/bj3140327
• Muragaki Y., Nishimura I., Henney A., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The alpha 1 (IX) collagen gene gives rise to two different transcripts in both mouse embryonic and human fetal RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 2400—2404. PMID 1690886 DOI:10.1073/pnas.87.7.2400

Див. також

• Хромосома 6